+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vrx | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mucor circinelloides FKBP12 protein bound with FK506 in P3221 space group | |||||||||
要素 | Peptidylprolyl isomeraseプロリルイソメラーゼ | |||||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / FK506-binding protein 1A / FKBP12 / FK506 (タクロリムス) | |||||||||
機能・相同性 | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / プロリルイソメラーゼ 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Mucor circinelloides (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å | |||||||||
データ登録者 | Gobeil, S. / Spicer, L. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2021 タイトル: Leveraging Fungal and Human Calcineurin-Inhibitor Structures, Biophysical Data, and Dynamics To Design Selective and Nonimmunosuppressive FK506 Analogs. 著者: Gobeil, S.M. / Bobay, B.G. / Juvvadi, P.R. / Cole, D.C. / Heitman, J. / Steinbach, W.J. / Venters, R.A. / Spicer, L.D. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: Designing Selective and Non-Immunosuppressive Antifungal FK506 Analogs: Structures, Biophysics and Dynamics of Fungal and Human Calcineurin-Inhibitor Complexes 著者: Gobeil, S.M. / Bobay, B.G. / Juvvadi, P.R. / Cole, D.C. / Heitman, J. / Steinbach, W.J. / Venters, R.A. / Spicer, L.D. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vrx.cif.gz | 115.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6vrx.ent.gz | 77.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vrx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/6vrx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/6vrx | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 6vctC 6vcuC 6vcvC 5huaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
3 |
| ||||||||||||
4 |
| ||||||||||||
5 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12095.665 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Nterminal GSH are from the expression tag / 由来: (組換発現) Mucor circinelloides (菌類) / 遺伝子: fkbA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: U3N5X4, プロリルイソメラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-FK5 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.22 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2100 mM DL Malic acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.54→50 Å / Num. obs: 23722 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 54.87 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.13 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 27.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.54→2.59 Å / 冗長度: 1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 1167 / CC1/2: 0.806 / Rpim(I) all: 0.319 / Rsym value: 0.974 / % possible all: 94.5 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5HUA 解像度: 2.54→37.2 Å / SU ML: 0.3336 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.329 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.54→37.2 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|