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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vj2 | ||||||
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タイトル | 3.10 Angstrom Resolution Crystal Structure of Foldase Protein (PrsA) from Lactococcus lactis | ||||||
要素 | Foldase | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / PrsA / Foldase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: 3.10 Angstrom Resolution Crystal Structure of Foldase Protein (PrsA) from Lactococcus lactis 著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vj2.cif.gz | 428.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vj2.ent.gz | 370 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vj2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/6vj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/6vj2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31635.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (strain IL1403) (乳酸菌) 株: IL1403 / 遺伝子: prsA, pmpA, LL1725, L164604 / Variant: lactis Il1403 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: Q9CEV9, プロリルイソメラーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 6.4 mg/ml, 0.01M Tris HCl (pH 8.3); Reservoir (PEGs II screen, B6): 0.1M HEPES (pH 7.5), 20% (w/v) PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月16日 / 詳細: C(111) |
放射 | モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 26817 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 66.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.137 / Rsym value: 0.122 / Χ2: 1.099 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.776 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1306 / CC1/2: 0.787 / CC star: 0.939 / Rpim(I) all: 0.381 / Rrim(I) all: 0.867 / Rsym value: 0.776 / Χ2: 0.996 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→29.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 52.217 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.531 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 182.38 Å2 / Biso mean: 72.399 Å2 / Biso min: 22.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.1→29.4 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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