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- PDB-6vj2: 3.10 Angstrom Resolution Crystal Structure of Foldase Protein (Pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vj2
タイトル3.10 Angstrom Resolution Crystal Structure of Foldase Protein (PrsA) from Lactococcus lactis
要素Foldase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / PrsA / Foldase
機能・相同性
機能・相同性情報


プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / フォールディング / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
PPIC-type PPIASE domain / Foldase protein PrsA / Trigger factor/SurA domain superfamily / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Foldase protein PrsA
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 3.10 Angstrom Resolution Crystal Structure of Foldase Protein (PrsA) from Lactococcus lactis
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2020年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Foldase
B: Foldase
C: Foldase
D: Foldase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,5414
ポリマ-126,5414
非ポリマー00
1,58588
1
A: Foldase
C: Foldase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2712
ポリマ-63,2712
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area31790 Å2
2
B: Foldase
D: Foldase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2712
ポリマ-63,2712
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area31710 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)81.513, 117.609, 149.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A31 - 299
2010B31 - 299
1020A32 - 299
2020C32 - 299
1030A32 - 300
2030D32 - 300
1040B32 - 299
2040C32 - 299
1050B32 - 299
2050D32 - 299
1060C32 - 299
2060D32 - 299

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Foldase / / PrsA


分子量: 31635.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (strain IL1403) (乳酸菌)
: IL1403 / 遺伝子: prsA, pmpA, LL1725, L164604 / Variant: lactis Il1403 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: Q9CEV9, プロリルイソメラーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein: 6.4 mg/ml, 0.01M Tris HCl (pH 8.3); Reservoir (PEGs II screen, B6): 0.1M HEPES (pH 7.5), 20% (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月16日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 26817 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 66.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.137 / Rsym value: 0.122 / Χ2: 1.099 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.776 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1306 / CC1/2: 0.787 / CC star: 0.939 / Rpim(I) all: 0.381 / Rrim(I) all: 0.867 / Rsym value: 0.776 / Χ2: 0.996 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→29.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 52.217 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.531
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2897 1307 4.9 %RANDOM
Rwork0.2337 ---
obs0.2364 25380 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 182.38 Å2 / Biso mean: 72.399 Å2 / Biso min: 22.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.58 Å20 Å20 Å2
2---2.27 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8456 0 0 88 8544
Biso mean---46.4 -
残基数----1080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0138613
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0187934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2411.6611606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3271.58618629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.42551082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg21.58626.306379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg7.371151591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.201158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.21217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0540.029462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0520.021582
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A81500.1
12B81500.1
21A80470.11
22C80470.11
31A81520.1
32D81520.1
41B81310.1
42C81310.1
51B81320.1
52D81320.1
61C81480.1
62D81480.1
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 102 -
Rwork0.35 1842 -
all-1944 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5332-0.5461-1.56881.98570.61532.77250.20550.08410.3445-0.09630.11750.0024-0.1070.0784-0.3230.11410.0143-0.05460.18120.0750.20619.446181.12271.8553
22.19750.7217-0.44112.4219-0.38560.1251-0.01210.14420.24110.05310.09280.08930.0112-0.0147-0.08070.11750.0277-0.01780.2571-0.02950.109910.379559.476587.2214
33.2881-3.4828-1.2887.004-1.19492.51530.04610.0125-0.0152-0.3182-0.09530.02380.17820.06890.04920.0382-0.0453-0.02390.20550.02430.147-1.318938.919494.8397
45.1713.7297-3.85933.2173-1.70075.2644-0.17310.1851-0.1404-0.1514-0.028400.1394-0.38850.20150.07970.09550.03560.21810.10670.3776-3.416664.946887.3415
53.48941.2604-2.18321.681-0.4857.2317-0.10610.0155-0.0128-0.31210.09650.208-0.0355-0.66010.00960.10730.0639-0.06240.34440.12450.20658.604679.613766.3715
62.9116-3.35443.02645.0848-1.42836.75690.4647-0.1873-0.3331-0.29940.23780.14511.0033-0.0978-0.70250.2643-0.00170.01630.11940.00240.25924.000829.810767.8343
71.65380.41082.24360.26140.06424.640.02060.1974-0.14360.05340.146-0.0721-0.05880.0475-0.16660.26510.0157-0.02640.2171-0.12370.231820.385740.035873.3874
82.08040.65360.61151.77060.71550.35910.12430.1465-0.10650.0227-0.0607-0.06330.02680.0209-0.06350.10680.01230.00540.25580.0060.131931.355864.003588.6314
94.4929-0.83361.86215.8089-0.08280.7856-0.02020.1264-0.0605-0.37510.04740.1336-0.02560.0755-0.02720.0256-0.0051-0.00090.29910.03670.225142.149279.371492.7247
101.98572.17121.78162.50812.32913.5119-0.27080.316-0.226-0.3030.3215-0.3121-0.18240.4247-0.05060.11260.0775-0.02330.2767-0.10910.357138.874348.212878.1133
119.6895-0.6222-1.23551.663-1.08891.01030.02270.83560.07880.1285-0.0216-0.1-0.1205-0.1184-0.00110.1564-0.06030.05450.2323-0.07370.283232.47878.81957.3721
121.84310.70151.05090.88840.8151.15170.1273-0.02760.2953-0.08020.117-0.22670.0835-0.2815-0.24430.209-0.14490.08860.58060.06380.465528.49866.472644.6934
131.62510.1666-0.6031.8278-0.02040.35470.0982-0.1962-0.21920.00520.0437-0.009-0.00290.0184-0.14190.07350.0348-0.07910.23770.06930.410929.397332.779630.48
140.6143-1.9284-0.55276.13461.77910.5223-0.1102-0.0324-0.03810.4082-0.00930.28010.1357-0.04020.11950.0795-0.10230.08630.2106-0.18990.347342.21152.16640.1582
155.636-0.62031.75820.1315-0.4224.5668-0.298-0.8367-0.28490.00670.0889-0.15790.44220.62720.20910.20650.12740.02120.3702-0.03330.631442.269569.494959.797
165.6302-1.12414.24571.6194-0.7913.20470.1070.5473-0.3426-0.29460.13830.48510.0560.4309-0.24530.2761-0.15850.01860.25770.03880.2316.713739.701153.9834
173.2125-1.7195-1.97041.6141-0.04072.96110.05030.2264-0.0185-0.2249-0.2341-0.13690.33910.00350.18380.2562-0.1868-0.1040.54360.08930.170720.179350.334440.3985
181.3259-0.50940.20580.9598-0.23280.42210.1048-0.56370.1983-0.30840.09470.17590.228-0.0458-0.19940.2275-0.022-0.10320.358-0.05380.31637.302767.762236.6855
192.83431.83421.44162.06640.4573.65940.2453-0.13960.290.0728-0.1064-0.20210.03680.0569-0.13880.12680.02490.06460.17890.00870.330314.417384.090929.0812
202.4377-1.8230.92684.7497-4.15093.8867-0.2695-0.25310.13690.36190.49010.1723-0.25-0.4254-0.22060.2809-0.1601-0.08780.23620.07860.2588-2.230456.098346.9106
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2A83 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3A175 - 243
4X-RAY DIFFRACTION4A244 - 277
5X-RAY DIFFRACTION5A278 - 301
6X-RAY DIFFRACTION6B31 - 44
7X-RAY DIFFRACTION7B45 - 82
8X-RAY DIFFRACTION8B83 - 184
9X-RAY DIFFRACTION9B185 - 244
10X-RAY DIFFRACTION10B245 - 300
11X-RAY DIFFRACTION11C32 - 58
12X-RAY DIFFRACTION12C59 - 134
13X-RAY DIFFRACTION13C135 - 249
14X-RAY DIFFRACTION14C250 - 277
15X-RAY DIFFRACTION15C278 - 300
16X-RAY DIFFRACTION16D32 - 79
17X-RAY DIFFRACTION17D80 - 112
18X-RAY DIFFRACTION18D113 - 173
19X-RAY DIFFRACTION19D174 - 246
20X-RAY DIFFRACTION20D247 - 301

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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