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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vg2 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the DNA binding domain of human transcription factor FLI1 in complex with 16-mer DNA CAGAGGATGTGGCTTC | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / DNA binding (デオキシリボ核酸) / Ewing sarcoma (ユーイング肉腫) / Leukemia (白血病) / Oncogenesis / ETS-family | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 止血 / 循環器 / megakaryocyte development / animal organ morphogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...止血 / 循環器 / megakaryocyte development / animal organ morphogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Hou, C. / Tsodikov, O.V. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Allosteric interference in oncogenic FLI1 and ERG transactions by mithramycins. 著者: Hou, C. / Mandal, A. / Rohr, J. / Tsodikov, O.V. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vg2.cif.gz | 89 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vg2.ent.gz | 62 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vg2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/6vg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/6vg2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12098.655 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Region GPHM at the N-terminus is a leftover from the affinity tag. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLI1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01543 #2: DNA鎖 | 分子量: 4954.214 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Enhancer DNA / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #3: DNA鎖 | 分子量: 4843.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Enhancer DNA / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.74 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.65→50 Å / Num. obs: 6615 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.65→3.71 Å / Num. unique obs: 287 / CC1/2: 0.493 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5JVT 解像度: 3.9→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 74.53 / SU ML: 0.949 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.856 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 273.76 Å2 / Biso mean: 125.421 Å2 / Biso min: 75.31 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.9→35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.9→4 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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