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万見
- PDB-6v4a: An open conformation of a Pentameic ligand-gated ion channel with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v4a
タイトルAn open conformation of a Pentameic ligand-gated ion channel with additional N-terminal domain
要素Neur_chan_LBD domain-containing protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Pentameric ligand-gated ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / シグナル伝達 / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATIDYLGLYCEROL-PHOSPHOGLYCEROL / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.83 Å
データ登録者Delarue, M. / Hu, H.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for allosteric transitions of a multidomain pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Hu, H. / Howard, R.J. / Bastolla, U. / Lindahl, E. / Delarue, M.
履歴
登録2019年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Neur_chan_LBD domain-containing protein
E: Neur_chan_LBD domain-containing protein
D: Neur_chan_LBD domain-containing protein
C: Neur_chan_LBD domain-containing protein
B: Neur_chan_LBD domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)363,64615
ポリマ－358,6705
非ポリマー4,97610
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27190 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area132210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.064, 116.028, 169.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
12A
22D
13A
23C
14A
24B
15E
25D
16E
26C
17E
27B
18D
28C
19D
29B
110C
210B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 36 - 636 / Label seq-ID: 36 - 636

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21EB
12AA
22DC
13AA
23CD
14AA
24BE
15EB
25DC
16EB
26CD
17EB
27BE
18DC
28CD
19DC
29BE
110CD
210BE

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
要素

#1: タンパク質
Neur_chan_LBD domain-containing protein


分子量: 71733.992 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) uncultured Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア)
遺伝子: N839_03575 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V4JF97
#2: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-P3A / PHOSPHATIDYLGLYCEROL-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 872.997 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O15P2 / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.3 M NH4-Formate, 0.1 M Tris 7.5, 30% (v/v) PEG-MME 500

-
データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.83→48.61 Å / Num. obs: 49576 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 3.83→3.93 Å / Num. unique obs: 3486 / CC1/2: 0.448

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FLI

6fli


解像度: 3.83→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU B: 152.957 / SU ML: 0.906 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2914 1876 5.1 %RANDOM
Rwork0.2556 ---
obs0.2574 34738 73.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 356.56 Å2 / Biso mean: 145.969 Å2 / Biso min: 25.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.81 Å2-0 Å2-0.44 Å2
2--4.66 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.83→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23051 0 142 0 23193
Biso mean--202.15 --
残基数----2955
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01923711
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0221764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9831.96432281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.169350314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.46352940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.31324.2541093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.221153718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.98515132
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.23673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02126466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024978
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A362200.04
12E362200.04
21A361240.04
22D361240.04
31A362020.04
32C362020.04
41A362340.04
42B362340.04
51E363680.04
52D363680.04
61E363860.04
62C363860.04
71E360460.04
72B360460.04
81D364780.04
82C364780.04
91D360900.05
92B360900.05
101C362140.04
102B362140.04
LS精密化 シェル解像度: 3.835→3.932 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 64 -
Rwork0.327 985 -
all-1049 -
obs--29.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.33111.01640.40461.84650.02891.4399-0.1335-1.03270.25580.7310.2518-0.3504-0.31730.1227-0.11830.80750.4115-0.18870.4414-0.21660.1922-66.13413.85665.113
26.87670.8158-0.81991.899-0.05421.88540.02620.16021.35560.08590.0088-0.3463-0.8770.2016-0.0350.76720.0768-0.24020.1373-0.02450.514-66.52328.03934.544
37.56670.0006-1.15271.959-0.03591.6313-0.10721.08580.2044-0.5370.1481-0.4137-0.11590.1084-0.04090.5563-0.1412-0.01590.3529-0.04160.1592-66.9193.39311.478
47.3348-1.121-0.64431.5505-0.19071.9373-0.14710.5344-1.1078-0.1885-0.0227-0.17220.69860.13950.16980.608-0.05830.2580.1169-0.22440.6096-66.962-26.47727.838
57.3918-0.66060.90441.3718-0.12671.5591-0.2037-0.634-1.06190.44930.0708-0.05060.44640.30390.13290.76250.37030.2770.26230.25920.3112-66.347-19.71461.339
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 195
2X-RAY DIFFRACTION1A199 - 311
3X-RAY DIFFRACTION1A321 - 514
4X-RAY DIFFRACTION1A515 - 636
5X-RAY DIFFRACTION2B36 - 195
6X-RAY DIFFRACTION2B199 - 311
7X-RAY DIFFRACTION2B321 - 514
8X-RAY DIFFRACTION2B515 - 636
9X-RAY DIFFRACTION3C36 - 195
10X-RAY DIFFRACTION3C199 - 311
11X-RAY DIFFRACTION3C312 - 514
12X-RAY DIFFRACTION3C515 - 636
13X-RAY DIFFRACTION4D36 - 195
14X-RAY DIFFRACTION4D200 - 311
15X-RAY DIFFRACTION4D312 - 514
16X-RAY DIFFRACTION4D515 - 636
17X-RAY DIFFRACTION5E36 - 195
18X-RAY DIFFRACTION5E200 - 311
19X-RAY DIFFRACTION5E312 - 514
20X-RAY DIFFRACTION5E515 - 636

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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