[日本語] English
万見
- PDB-6v3p: The BIgI domain of beta protein from S. agalactiae bound to CEACAM1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v3p
タイトルThe BIgI domain of beta protein from S. agalactiae bound to CEACAM1
要素
  • Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
  • IgA FC receptor
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / Bacterial (細菌) / Adhesin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of blood vessel remodeling / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target ...regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of blood vessel remodeling / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of lipid biosynthetic process / filamin binding / bile acid transmembrane transporter activity / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of endothelial cell migration / negative regulation of granulocyte differentiation / Fibronectin matrix formation / insulin catabolic process / common myeloid progenitor cell proliferation / negative regulation of interleukin-1 production / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of vasculogenesis / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / regulation of immune system process / negative regulation of platelet aggregation / bile acid and bile salt transport / negative regulation of vascular permeability / wound healing, spreading of cells / transport vesicle membrane / microvillus membrane / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / blood vessel development / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / tertiary granule membrane / lateral plasma membrane / specific granule membrane / regulation of cell migration / protein tyrosine kinase binding / basal plasma membrane / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / integrin-mediated signaling pathway / regulation of cell growth / Cell surface interactions at the vascular wall / 接着結合 / negative regulation of protein kinase activity / kinase binding / cellular response to insulin stimulus / cell-cell junction / 遊走 / 細胞結合 / actin binding / protein phosphatase binding / 血管新生 / protein dimerization activity / calmodulin binding / 細胞接着 / apical plasma membrane / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Surface antigen, GAG-binding domain / Surface antigen, GAG-binding domain superfamily / GAG-binding domain on surface antigen / RICH domain / RICH domain superfamily / RICH domain / YSIRK type signal peptide / 免疫グロブリンフォールド / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif ...Surface antigen, GAG-binding domain / Surface antigen, GAG-binding domain superfamily / GAG-binding domain on surface antigen / RICH domain / RICH domain superfamily / RICH domain / YSIRK type signal peptide / 免疫グロブリンフォールド / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / 抗体 / LPXTG cell wall anchor domain / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1 / IgA FC receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Bonsor, D.A. / McCarthy, A.J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2021
タイトル: Bacterial protein domains with a novel Ig-like fold target human CEACAM receptors.
著者: van Sorge, N.M. / Bonsor, D.A. / Deng, L. / Lindahl, E. / Schmitt, V. / Lyndin, M. / Schmidt, A. / Nilsson, O.R. / Brizuela, J. / Boero, E. / Sundberg, E.J. / van Strijp, J.A.G. / Doran, K.S. ...著者: van Sorge, N.M. / Bonsor, D.A. / Deng, L. / Lindahl, E. / Schmitt, V. / Lyndin, M. / Schmidt, A. / Nilsson, O.R. / Brizuela, J. / Boero, E. / Sundberg, E.J. / van Strijp, J.A.G. / Doran, K.S. / Singer, B.B. / Lindahl, G. / McCarthy, A.J.
履歴
登録2019年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
C: IgA FC receptor
D: IgA FC receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,24511
ポリマ－52,5804
非ポリマー6657
水181
1
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子

D: IgA FC receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8598
ポリマ－26,2902
非ポリマー5686
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area11020 Å2
手法PISA
2
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
C: IgA FC receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3863
ポリマ－26,2902
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.616, 131.616, 257.066
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNVALVALAA1 - 1063 - 108
21GLNGLNVALVALBB1 - 1063 - 108
12LYSLYSGLUGLUCC7 - 1098 - 110
22LYSLYSGLUGLUDD7 - 1098 - 110

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1 / Biliary glycoprotein 1 / BGP-1


分子量: 12101.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEACAM1, BGP, BGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13688
#2: タンパク質 IgA FC receptor / Beta antigen / B antigen


分子量: 14188.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: bag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P27951
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.7M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Citrate, pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月10日
詳細: Mirror: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→38.92 Å / Num. obs: 18198 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 194550 / Scaling rejects: 13
反射 シェル解像度: 3.25→3.51 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 1.411 / Num. unique obs: 3672 / CC1/2: 0.919 / Rpim(I) all: 0.445 / Rrim(I) all: 1.481 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0266精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GK2

2gk2


解像度: 3.25→38.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 24.846 / SU ML: 0.354 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.675 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2441 935 5.1 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.2194 17226 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 305.65 Å2 / Biso mean: 149.92 Å2 / Biso min: 110.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.92 Å20 Å2-0 Å2
2---8.92 Å20 Å2
3---17.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.25→38.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3311 0 37 1 3349
Biso mean--215.92 152.4 -
残基数----421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0133393
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.6544607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0951.5857393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8485417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.79425.61164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.85215598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.736158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02721
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A29370.14
12B29370.14
21C28430.16
22D28430.16
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.334 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.485 74 -
Rwork0.456 1227 -
all-1301 -
obs--99.24 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る