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- PDB-6upq: Crystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 2 / Septin 11 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6upq
タイトルCrystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 2 / Septin 11 Heterocomplex
要素
  • Septin-11セプチン
  • Septin-2セプチン
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / cytoskeleton protein (細胞骨格) / septin (セプチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic specialization of symmetric synapse / sperm annulus / protein localization => GO:0008104 / septin complex / photoreceptor connecting cilium / cytoskeleton-dependent cytokinesis / セプチン / regulation of exocytosis / non-motile cilium / ciliary membrane ...postsynaptic specialization of symmetric synapse / sperm annulus / protein localization => GO:0008104 / septin complex / photoreceptor connecting cilium / cytoskeleton-dependent cytokinesis / セプチン / regulation of exocytosis / non-motile cilium / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / 細胞結合 / regulation of synapse organization / cell division site / axoneme / 分裂溝 / cilium assembly / GABA-ergic synapse / stress fiber / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / 動原体 / spindle / microtubule cytoskeleton / マイクロフィラメント / シナプス小胞 / midbody / 精子形成 / 樹状突起スパイン / molecular adaptor activity / 細胞分化 / cadherin binding / 神経繊維 / GTPase activity / glutamatergic synapse / GTP binding / extracellular exosome / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Septin 2 / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / セプチン / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / セプチン / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / グアノシン三リン酸 / Septin-2 / Septin-11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Leonardo, D.A. / Pereira, H.M. / Brandao-Neto, J. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/15546-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/04658-9 ブラジル
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Molecular Recognition at Septin Interfaces: The Switches Hold the Key.
著者: Rosa, H.V.D. / Leonardo, D.A. / Brognara, G. / Brandao-Neto, J. / D'Muniz Pereira, H. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
履歴
登録2019年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septin-2
B: Septin-11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3315
ポリマ－65,3412
非ポリマー9913
水8,971498
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area23420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.654, 81.859, 68.221
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Septin-2 / セプチン / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 5 / NEDD-5


分子量: 31691.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPTIN2, DIFF6, KIAA0158, NEDD5, SEPT2 / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q15019
#2: タンパク質 Septin-11 / セプチン


分子量: 33649.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPTIN11, SEPT11 / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9NVA2

-
非ポリマー , 4種, 501分子

#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM MES/imidazole pH 6.5, 10% PEG 20000, 20% PEG 550 MME and 30mM of each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate and ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→67.7 Å / Num. obs: 51728 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.208 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 347126 / Scaling rejects: 910
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.86-1.916.83.1262567637980.4531.2923.3870.998.9
8.32-67.76.40.0639146110.9960.0260.06515.599.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UPA

6upa


解像度: 1.86→56.216 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.59
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2178 2567 4.97 %Random selection
Rwork0.1867 ---
obs0.1882 51621 99.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.71 Å2 / Biso mean: 37.0276 Å2 / Biso min: 15.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→56.216 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4130 0 61 498 4689
Biso mean--21.2 41.32 -
残基数----517
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.86-1.89570.39171430.3696268798
1.8957-1.93440.39811610.3687264298
1.9344-1.97640.33251560.2835268799
1.9764-2.02240.30181340.2581272899
2.0224-2.0730.29151350.2376271699
2.073-2.1290.2631370.2312271099
2.129-2.19170.24231390.2131270899
2.1917-2.26240.29811390.2618272799
2.2624-2.34330.23961350.2007268499
2.3433-2.43710.22471440.197274099
2.4371-2.5480.251460.18442729100
2.548-2.68240.20381370.18272724100
2.6824-2.85040.21261330.17872764100
2.8504-3.07050.20091380.17512724100
3.0705-3.37950.19021350.16462753100
3.3795-3.86840.19261660.15452746100
3.8684-4.87330.1751290.14092785100
4.8733-56.2160.17031600.1612800100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.72013.06760.77435.35253.52582.8564-0.09360.15690.2093-0.22420.10920.0851-0.2163-0.16320.01860.14160.02470.01910.15420.0010.14537.15739.8846.9492
24.0408-0.89732.6552.096-0.57584.8431-0.1264-0.36460.22950.10910.034-0.081-0.4515-0.6218-0.02950.28060.10060.01370.4257-0.04110.31433.279712.152919.5096
35.5579-0.27891.61815.8366-1.56947.27640.08451.04690.6879-0.6104-0.1850.2122-1.15820.12490.09770.48190.0742-0.02150.5280.09750.4177-0.36414.7634-0.1286
40.27210.2702-0.0730.4915-0.7221.73150.2986-0.8087-0.15690.0171-0.09780.05390.5722-0.9776-0.19780.3408-0.0697-0.03760.39180.05270.30123.9681-0.526321.2737
56.18921.30861.51881.77821.06622.4086-0.22470.22380.4073-0.26390.00840.5207-0.3369-0.71110.12030.2730.0376-0.07650.386-0.01440.3595-11.71210.91291.826
64.37251.30660.75860.9421-0.07891.41360.09110.0491-0.2213-0.0919-0.0168-0.01890.171-0.012-0.10410.20080.01790.00580.1834-0.03960.192712.2656-1.04299.4198
79.03487.45791.07578.70631.51993.7476-0.04820.5989-1.1049-0.24170.1732-0.84080.35130.3893-0.06840.25360.1186-0.00090.2688-0.07290.30523.1827-5.04126.2482
83.24170.52811.07212.1681.80311.63310.01240.9196-0.1537-1.2878-0.2054-0.18820.63630.35960.13350.54010.07040.03580.4695-0.07690.302511.1904-5.4291-7.2257
92.16480.51350.76772.9480.71921.9009-0.01420.6512-0.2071-0.7538-0.0648-0.0487-0.12590.1929-0.0010.33790.04550.02710.4675-0.03290.212218.3665.5254-4.9757
101.4646-1.5711.71782.0304-0.49047.1901-0.08250.83650.8548-0.9193-0.1749-0.7591-0.52250.68630.01720.4406-0.06480.02010.36890.14030.477324.196223.38094.6454
115.21563.30141.90233.46941.1891.512-0.20550.5370.0057-0.26520.23650.1433-0.06080.0513-0.0120.20210.0310.01170.2464-0.00260.18057.7143.5911-1.7007
124.9071.96821.45872.76981.05773.81260.10660.2793-0.2670.10840.1042-0.3560.33890.5696-0.24740.20690.0802-0.0170.23110.01470.23933.3076-1.690927.9244
133.2316-1.25671.83512.5359-0.04884.78750.12710.2311-0.11390.1665-0.0363-0.29540.29420.5146-0.07320.26660.0125-0.01460.23840.05240.261627.5165-5.982430.8072
140.4599-0.51241.16941.7378-2.78945.351-0.0161-0.0409-0.03130.1078-0.037-0.106-0.0543-0.00670.02280.22460.0137-0.02110.1897-0.01570.217525.6363-0.773839.3667
156.4660.6501-3.76684.4383-2.38963.8129-0.0587-0.050.54460.07150.23860.1724-0.6588-0.5806-0.3320.30160.0788-0.05690.2313-0.03740.277118.818318.099327.0725
162.59060.378-2.68761.2944-0.71485.21280.0025-0.15130.17980.1746-0.0291-0.2429-0.12720.197-0.07040.2050.0171-0.0450.2108-0.00640.250633.773711.17224.0711
170.57410.7181-1.21322.1064-3.83188.59380.0855-0.1717-0.00690.5116-0.2883-0.2746-0.82590.62990.15440.27680.0217-0.03910.2508-0.00830.267133.2788.556235.6691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 36 through 58 )A36 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 81 )A59 - 81
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 82 through 101 )A82 - 101
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 102 through 115 )A102 - 115
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 116 through 147 )A116 - 147
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 148 through 188 )A148 - 188
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 189 through 205 )A189 - 205
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 206 through 221 )A206 - 221
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 222 through 244 )A222 - 244
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 245 through 258 )A245 - 258
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 259 through 305 )A259 - 305
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 40 through 72 )B40 - 72
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 73 through 114 )B73 - 114
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 115 through 189 )B115 - 189
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 190 through 206 )B190 - 206
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 207 through 255 )B207 - 255
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 256 through 300 )B256 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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