PDB-6uht: Crystal structure of BoNT/B receptor-binding domain in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uht

タイトル

Crystal structure of BoNT/B receptor-binding domain in complex with VHH JLI-G10

要素

Botulinum neurotoxin type B
JLI-G10

キーワード

TOXIN/ANTITOXIN / Botulinum neurotoxin (BoNT) / VHH / receptor-binding domain /

TOXIN (毒素) /

ANTITOXIN (抗毒素) / TOXIN-ANTITOXIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Toxicity of botulinum toxin type B (botB) /

ボツリヌストキシン / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity /

metalloendopeptidase activity /

toxin activity /

lipid binding / host cell plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.20001465977 Å

データ登録者

Lam, K. / Jin, R.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into Rational Design of Single-Domain Antibody-Based Antitoxins against Botulinum Neurotoxins
著者: Lam, K. / Tremblay, J.M. / Vazquez-Cintron, E. / Perry, K. / Ondeck, C. / Webb, R.P. / Mcnutt, P.M. / Shoemaker, C.B. / Jin, R.

履歴

登録	2019年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uht.cif.gz	530.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uht.ent.gz	385 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uht.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/6uht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/6uht	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6uc6C 6uftC 6ui1C 6ul4C 6ul6C 2nm1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ya0-1 3c4m-2 6d1u-2 4tsm-1 5onf-d 4kn2-d 6ht9-1 5ya2-1 3hvd-9 3cwz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Botulinum neurotoxin type B

B: Botulinum neurotoxin type B

C: JLI-G10

D: JLI-G10

135 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Botulinum neurotoxin type B

C: JLI-G10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
67.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Botulinum neurotoxin type B

D: JLI-G10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	223.147, 223.147, 58.491
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASN	ASN	ILE	ILE	chain 'A'	A	A	862 - 917	9 - 64
1	2	1	VAL	VAL	SER	SER	chain 'A'	A	A	922 - 1151	69 - 298
1	3	1	ASN	ASN	LEU	LEU	chain 'A'	A	A	1157 - 1274	304 - 421
1	4	1	LEU	LEU	GLU	GLU	chain 'A'	A	A	1276 - 1291	423 - 438
2	1	1	ASN	ASN	ILE	ILE	chain 'B'	B	B	862 - 917	9 - 64
2	2	1	VAL	VAL	SER	SER	chain 'B'	B	B	922 - 1151	69 - 298
2	3	1	ASN	ASN	LEU	LEU	chain 'B'	B	B	1157 - 1274	304 - 421
2	4	1	LEU	LEU	GLU	GLU	chain 'B'	B	B	1276 - 1291	423 - 438
1	1	2	VAL	VAL	TYR	TYR	chain 'C'	C	C	5 - 107	10 - 112
1	2	2	PRO	PRO	SER	SER	chain 'C'	C	C	109 - 126	114 - 131
2	1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	chain 'D'	D	D	2	7
2	2	2	GLU	GLU	TYR	TYR	chain 'D'	D	D	6 - 107	11 - 112
2	3	2	PRO	PRO	SER	SER	chain 'D'	D	D	109 - 126	114 - 131

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Botulinum neurotoxin type B / BoNT/B / Bontoxilysin-B 分子量: 52534.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: botB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10844, ボツリヌストキシン
#2: 抗体	JLI-G10 分子量: 15041.563 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.95 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15 % PEG 20000 and 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→111.57 Å / Num. obs: 84263 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.7319682932 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / R_merge(I) obs: 0.722 / Num. unique obs: 4520 / CC_1/2: 0.733 / R_pim(I) all: 0.565

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER	1.9_1692	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NM1

2nm1

解像度: 2.20001465977→96.6254853891 Å / SU ML: 0.24787632525 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33786967781 / 位相誤差: 23.1584434815

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.211016532578	4213	5.00142456907 %
R_work	0.194221152895	-	-
obs	0.195082532664	84236	99.0440804713 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.2212800912 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.20001465977→96.6254853891 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9143	0	0	408	9551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00819009759985	9372
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.12011630159	12659
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0537142764745	1319
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00569050369452	1617
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.698630576	3462

LS精密化シェル

解像度: 2.20001465977→2.225 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328672408362	134	-
R_work	0.283037318267	2670	-
obs	-	-	99.7864768683 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.39873086535	0.369358616642	-0.143664107813	0.303548288794	-0.125614786467	0.18385359441	-0.0721813896886	-0.0191229129284	0.0094574051404	0.156345614485	-0.049404807622	0.0521587282034	-0.0190212716589	-0.00670819943294	-2.33168171433E-8	0.244872831089	0.0311280126525	0.00331238318136	0.210297894889	-0.0239454473564	0.208544486612	-128.432931425	8.93038326187	11.9863881046
2	0.601962751074	-0.150872077843	-0.430968425	0.327605295724	0.047627534328	0.410371096493	0.0496091132427	0.0835347989761	0.150485104486	0.0590315011588	-0.0531118416778	-0.0376703033156	-0.128702365393	-0.0152291447683	-3.4177103193E-5	0.241531013682	0.0451546490903	-0.0128339688403	0.152321015411	0.0222650001238	0.178559753293	-121.044672989	22.4816821158	7.58023134386
3	0.626716727709	-0.19026926994	-0.157788973324	0.135337513635	-0.0716368473328	0.396766162953	0.0144939936201	-0.00950728201129	-0.0418725840671	0.0182904222591	-0.0406511255432	-0.00347900244831	0.00295791687871	0.0367088574488	-4.1586145186E-9	0.172760557936	0.00269664182492	-0.00882811159376	0.119445650771	0.0389496343341	0.155075798348	-91.9667297054	9.46336309099	-1.82237208802
4	0.358089878446	0.374322580747	-0.269196072331	0.153771505855	0.267109007439	0.238040511208	0.0935337027486	-0.10707405542	-0.119225553725	0.0388872665513	-0.067833620703	-0.0968077107615	0.0289135905364	0.101430081495	-3.93084924597E-8	0.218965109503	-0.0173441667203	-0.0199375429321	0.167503770491	0.051275057652	0.187055886363	-87.5879098061	15.4530852678	4.9841225617
5	0.398696554348	-0.110658414474	0.0931082688035	0.487191300877	0.109963640767	0.078632061597	-0.145777038	0.0647974258183	-0.0116193141445	0.1972455245	0.171067111321	-0.0479909090738	0.102208229582	0.0314432593249	0.00126496004063	0.385370912024	0.0344796250106	-0.0509905803564	0.302783290969	0.0631782821085	0.221828675462	-65.1288675612	-32.4201381879	7.46527139323
6	0.329427411605	-0.348885006779	-0.121788620851	0.54141555711	-0.233743975006	0.294292032943	-0.101760995719	0.153220925474	0.149157470824	0.127849764334	0.0881031861777	0.021636593983	0.0284423340833	-0.0667417258381	-1.09938033699E-9	0.315764650041	-0.0205070417538	-0.0504805173858	0.334888066239	0.0768093754879	0.219232356158	-71.6849188584	-25.1108911363	2.59080504392
7	0.31388074077	0.103830388799	-0.399642104998	0.24352373956	0.0577235282785	0.217169132673	0.0730947990516	-0.0269106632961	0.0951829715805	0.0165456190329	0.00190197361186	-0.55473877861	0.0799337607871	0.0871354655647	0.0935415271196	0.307826318812	0.0378626543546	-0.0301845247528	0.452998691846	0.13537567911	0.598935655679	-43.1518742035	-15.8738760298	-9.14179560125
8	0.071352722507	-0.176030033096	0.0552614259427	0.358296825493	-0.110029813304	0.416623047412	0.0880723108309	0.0486253232182	0.148859703635	0.0928646573834	-0.13827809374	-0.546816548626	-0.0572872793685	0.0957212404113	-9.93881557395E-10	0.249485896617	-0.0405421113853	-0.0517149307109	0.373525314285	0.119966489011	0.622037160561	-43.3182763312	-3.29045292545	-5.8383209516
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10	0.0459627610916	-0.0247189981453	-0.0265931796373	0.299306015397	0.201024773024	0.15795877676	-0.0631318169705	-0.0724418545304	-0.0101624073721	-0.0105609878273	0.00522288137326	0.126468697704	-0.0456422324173	-0.0639149256196	-1.14961991265E-7	0.282215422248	-0.0505680823183	0.00596194631215	0.23811149231	0.019508046565	0.263562482184	-83.6856850974	35.6824388915	8.33709396366
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 856 through 925 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 926 through 1089 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1090 through 1221 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1222 through 1291 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 862 through 947 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 948 through 1089 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1090 through 1181 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1182 through 1291 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 5 through 23 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 24 through 66 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 67 through 86 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 87 through 128 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid -3 through 66 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 67 through 85 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 86 through 126 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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