[日本語] English
万見
- PDB-6uhr: Crystal Structure of C148 mGFP-scDNA-2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uhr
タイトルCrystal Structure of C148 mGFP-scDNA-2
要素C148 mGFP-scDNA-2
キーワードFLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / green fluorescent protein (緑色蛍光タンパク質) / beta-barrel (Βバレル) / DNA (デオキシリボ核酸) / protein-DNA conjugate
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / 緑色蛍光タンパク質
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Winegar, P.W. / Hayes, O.G. / McMillan, J.R. / Figg, C.A. / Focia, P.J. / Mirkin, C.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)N00014-15-1-0043 米国
Department of Defense (DOD, United States)FA9550-17-1-0348 米国
引用ジャーナル: Chem / 年: 2020
タイトル: DNA-Directed Protein Packing within Single Crystals.
著者: Winegar, P.H. / Hayes, O.G. / McMillan, J.R. / Figg, C.A. / Focia, P.J. / Mirkin, C.A.
履歴
登録2019年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: C148 mGFP-scDNA-2
B: C148 mGFP-scDNA-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0782
ポリマ－62,0782
非ポリマー00
水21612
1
A: C148 mGFP-scDNA-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0391
ポリマ－31,0391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: C148 mGFP-scDNA-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0391
ポリマ－31,0391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.580, 50.890, 209.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 C148 mGFP-scDNA-2


分子量: 31038.908 Da / 分子数: 2 / 変異: S148C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This mutant of EGFP has a single surface cysteine at residue 148 (counting from M37 and counting CRO as 3 residues) and an N-terminal his-tag.
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 % / 解説: Green crystals with sharp facets
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1 microliter C148 mGFP-scDNA-2 (5 mg/mL (protein concentration) in 10 mM Tris Buffer pH 7.4, 137 mM NaCl) + 1 microliter crystallization condition (0.15 M potassium bromide, 30% (w/v) PEG ...詳細: 1 microliter C148 mGFP-scDNA-2 (5 mg/mL (protein concentration) in 10 mM Tris Buffer pH 7.4, 137 mM NaCl) + 1 microliter crystallization condition (0.15 M potassium bromide, 30% (w/v) PEG 2000 MME) in a sitting drop with a 70 microliter reservoir (0.15 M potassium bromide, 30% (w/v) PEG 2000 MME)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→104.595 Å / Num. all: 11425 / Num. obs: 11425 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.21 / Rsym value: 0.194 / Net I/av σ(I): 3.6 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 79211
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
3-3.167.10.7162.716310.2860.7740.716100
3.16-3.357.10.5063.915280.2030.5470.50699.8
3.35-3.5960.3514.814450.1540.3850.35199
3.59-3.877.30.2726.813580.1080.2940.272100
3.87-4.247.40.1829.412870.0710.1950.182100
4.24-4.747.30.13812.411280.0540.1480.13899.9
4.74-5.487.10.1312.610270.0510.140.1399.8
5.48-6.716.20.1429.88750.0590.1540.14299.1
6.71-9.496.70.092137040.0370.0990.09299.3
9.49-69.736.50.07118.54420.0290.0770.07199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N9O

5n9o


解像度: 3→52.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.822 / WRfactor Rfree: 0.2741 / WRfactor Rwork: 0.2 / FOM work R set: 0.7777 / SU B: 16.846 / SU ML: 0.337 / SU Rfree: 0.5275 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.528 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3089 583 5.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.2304 10848 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.65 Å2 / Biso mean: 41.072 Å2 / Biso min: 15.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→52.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3382 0 0 12 3394
Biso mean---40.91 -
残基数----451
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133464
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8251.6594722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2251.5846888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9555444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.65423.974156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.61615476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.556158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02717
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 38 -
Rwork0.104 756 -
all-794 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る