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- PDB-6ugw: Crystal structure of the Fc fragment of PF06438179/GP1111 an infl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ugw
タイトルCrystal structure of the Fc fragment of PF06438179/GP1111 an infliximab biosimilar in a C-centered orthorhombic crystal form, Lot A
要素PF-06438179/GP1111 Fc
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Antibody (抗体) / biologic / biosimilar / infliximab (インフリキシマブ) / fragment crystallizable (フラグメント結晶化可能領域)
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mayclin, S.J. / Edwards, T.E.
引用ジャーナル: BioDrugs / 年: 2020
タイトル: Crystal Structures of PF-06438179/GP1111, an Infliximab Biosimilar.
著者: Lerch, T.F. / Sharpe, P. / Mayclin, S.J. / Edwards, T.E. / Polleck, S. / Rouse, J.C. / Zou, Q. / Conlon, H.D.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PF-06438179/GP1111 Fc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0396
ポリマ－28,3611
非ポリマー1,6785
水2,738152
1
A: PF-06438179/GP1111 Fc
ヘテロ分子

A: PF-06438179/GP1111 Fc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,07812
ポリマ－56,7232
非ポリマー3,35510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area7770 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area20880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.090, 148.090, 75.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

ZN

21A-745-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PF-06438179/GP1111 Fc


分子量: 28361.252 Da / 分子数: 1 / 断片: LotA_Fc / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P0DOX5
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1422.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4-5/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10 mg/mL protein with JCSG+ E7 (266849e7): 10% 2-propanol, 200 mM zinc acetate, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, cryoprotectant: 20% ethylene glycol, puckID kux1-2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月5日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 19460 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.103 % / Biso Wilson estimate: 27.55 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 13.69
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.056.1760.4973.6914170.8830.543100
2.05-2.116.180.3914.6213800.9380.426100
2.11-2.176.1960.3425.2413490.9470.374100
2.17-2.246.190.2756.4612900.9570.399.9
2.24-2.316.1970.2586.8912820.9610.282100
2.31-2.396.1780.2127.9912190.9790.231100
2.39-2.486.2030.1849.1311820.9810.20199.9
2.48-2.586.1610.15610.3711510.9880.17199.9
2.58-2.76.1670.13112.4111030.9890.143100
2.7-2.836.170.10914.3710450.9930.119100
2.83-2.986.1430.0916.6610120.9940.099100
2.98-3.166.0970.07519.49670.9950.082100
3.16-3.386.1260.06322.798830.9970.06999.8
3.38-3.656.0390.05725.278470.9960.06299.8
3.65-46.0340.05625.787700.9970.06199.7
4-4.475.980.05128.317140.9980.05699.6
4.47-5.165.9250.04928.546260.9970.05399.8
5.16-6.325.780.05228.135460.9960.05799.5
6.32-8.945.5910.05328.644280.9970.05899.8
8.94-504.7590.05426.792490.9940.0695.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4CDH

4cdh


解像度: 2→50 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 972 5 %
Rwork0.1807 --
obs0.1825 19450 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.46 Å2 / Biso mean: 42.2573 Å2 / Biso min: 13.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1607 0 103 152 1862
Biso mean--57.98 38.72 -
残基数----207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8912431
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1631069
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.10540.28021370.2112590100
2.1054-2.23730.23891370.19652597100
2.2373-2.410.23521370.19392619100
2.41-2.65240.23171370.1932621100
2.6524-3.03610.22891390.19422635100
3.0361-3.82440.2141400.18262651100
3.8244-500.19381450.1586276599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24690.96490.09944.8424-0.37641.34790.1455-0.72510.58360.7097-0.1529-0.2441-0.25040.09250.00160.3314-0.01-0.070.4151-0.22770.448410.520517.2204-5.4923
20.64520.59490.44180.52590.39740.30070.1094-0.30110.77150.28060.149-0.259-0.54840.04830.6230.5449-0.0943-0.11430.2257-0.69440.98539.531432.0399-2.4616
31.61840.84530.41730.51820.56921.97370.0807-0.56420.86050.3975-0.0576-0.0135-0.152-0.10260.19920.28710.0154-0.02920.3443-0.20540.3423.575615.8775-4.6525
40.52441.50760.03344.64740.78631.7266-0.006-0.08831.2817-0.2340.11880.1079-0.8031-0.08720.14950.49520.0255-0.03390.2643-0.13640.86144.194928.6211-11.5912
56.5581-2.53310.82552.9476-0.48281.2460.1727-0.0096-0.8227-0.1571-0.2215-0.25840.20850.1083-0.01680.1841-0.00120.00080.20740.06040.300819.1925-6.2366-16.5769
61.48690.3277-0.34321.73750.09532.6613-0.0381-0.7159-0.82850.1946-0.0158-0.06880.03750.093-0.01490.20280.0205-0.01360.45090.16670.220621.6275-4.0111-11.2895
73.3058-1.18010.94911.1128-0.59121.0918-0.2051-0.851-1.0090.1315-0.2951-0.34490.14260.2943-0.0720.31560.02720.00710.41480.25710.395213.8393-8.5087-8.1238
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 240 through 267 )A240 - 267
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 268 through 304 )A268 - 304
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 305 through 317 )A305 - 317
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 318 through 339 )A318 - 339
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 340 through 375 )A340 - 375
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 376 through 421 )A376 - 421
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 422 through 446 )A422 - 446

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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