PDB-6ug6: C3 symmetric peptide design number 1, Sporty, crystal form 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ug6

タイトル

C3 symmetric peptide design number 1, Sporty, crystal form 2

要素

C3-1, Sporty, crystal form 2

キーワード

DE NOVO PROTEIN (De novo) /

cyclic peptide (環状ペプチド) / 3-fold symmetric / L and D-amino acids

機能・相同性

リン酸塩

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1 Å

Model details

S2 symmetric cyclic peptide

データ登録者

Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Antselovich, I. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Baker, D.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Computational design of mixed chirality peptide macrocycles with internal symmetry.
著者: Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Sawaya, M.R. / Rettie, S. / Li, X. / Antselovich, I. / Craven, T.W. / Watkins, A.M. / Labonte, J.W. / DiMaio, F. / Yeates, T.O. / Baker, D.

履歴

登録	2019年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ug6.cif.gz	60.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ug6.ent.gz	50.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ug6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ug6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ug6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ucxC 6ud9C 6udrC 6udwC 6udzC 6uf4C 6uf7C 6uf8C 6uf9C 6ufaC 6ufuC 6ug2C 6ug3C 6ugbC 6ugcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bzm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C3-1, Sporty, crystal form 2

B: C3-1, Sporty, crystal form 2

C: C3-1, Sporty, crystal form 2

D: C3-1, Sporty, crystal form 2

ヘテロ分子

7.33 kDa, 4 ポリマー
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1

A: C3-1, Sporty, crystal form 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
1.56 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: C3-1, Sporty, crystal form 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
1.85 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: C3-1, Sporty, crystal form 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
1.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: C3-1, Sporty, crystal form 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
2.11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.530, 29.960, 30.100
Angle α, β, γ (deg.)	109.499, 108.863, 107.911
Int Tables number	2
Space group name H-M	P-1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains A B
2	1	Chains A C
3	1	Chains A D
4	1	Chains B C
5	1	Chains B D
6	1	Chains C D

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質・ペプチド	C3-1, Sporty, crystal form 2 分子量: 1423.597 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ab initio design / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 58分子

#2: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.09 M sodium nitrate, 0.09 M Sodium phosphate dibasic, 0.09 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.1M MOPS pH 7.5, 12.5% v/v MPD, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.1→24.992 Å / Num. obs: 28588 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 3.511 % / B_iso Wilson estimate: 9.781 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 1.156 / Net I/σ(I): 6.92

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.1-1.13	3.122	0.156	3.58	1633	0.992	0.19	68.4
1.13-1.16	3.404	0.162	4	1919	0.989	0.194	82.9
1.16-1.19	3.455	0.141	4.38	2007	0.993	0.168	87.9
1.19-1.23	3.381	0.123	4.72	1906	0.993	0.147	88.2
1.23-1.27	3.532	0.123	4.86	1877	0.994	0.146	89.3
1.27-1.31	3.305	0.121	4.78	1898	0.992	0.145	90.6
1.31-1.36	3.515	0.111	5.29	1784	0.993	0.132	90.5
1.36-1.42	3.676	0.102	5.99	1727	0.994	0.119	91.9
1.42-1.48	3.608	0.089	6.36	1680	0.996	0.105	91.5
1.48-1.56	3.609	0.078	7.07	1592	0.996	0.093	92.1
1.56-1.64	3.601	0.071	7.42	1531	0.996	0.083	90.8
1.64-1.74	3.391	0.062	8.02	1411	0.997	0.074	90.7
1.74-1.86	3.554	0.053	8.62	1343	0.998	0.062	91.5
1.86-2.01	3.76	0.048	9.53	1306	0.998	0.056	93.4
2.01-2.2	3.697	0.043	10.85	1176	0.997	0.051	93.6
2.2-2.46	3.681	0.038	11.12	1065	0.998	0.045	93.8
2.46-2.84	3.644	0.038	12.35	956	0.999	0.045	93.7
2.84-3.48	3.332	0.035	12.4	784	0.998	0.042	92
3.48-4.92	3.747	0.031	13.73	647	0.999	0.036	96.6
4.92-24.992	3.656	0.033	14.43	346	0.998	0.04	95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20190315	データ削減
XSCALE	20190315	データスケーリング
REFMAC	5.8.0253	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1→24.992 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.984 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.038 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2137	2859	10.001 %
R_work	0.1801	-	-
all	0.183	-	-
obs	-	28587	89.393 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.572 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.069 Å²	-0.348 Å²	0.024 Å²
2-	-	-0.309 Å²	0.049 Å²
3-	-	-	0.267 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→24.992 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	396	0	105	42	543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	547
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	597
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.685	1.803	760
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.543	1.604	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.643	5	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.413	17.368	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.25	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.919	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	474
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	98
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.289	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	307
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.407	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.153	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.11	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.511	0.42	196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.504	0.42	195
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.586	0.642	246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.585	0.641	247
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.002	0.889	351
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.999	0.891	352
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.875	1.319	512
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.872	1.321	513
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	1.892	6.493	439
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.75	6.372	436
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.218	3	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.142	0.05	347
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.189	0.05	337
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.141	0.05	347
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.165	0.05	305
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.005	0.05	325
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.175	0.05	334

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.1-1.129	0.246	164	0.241	1469	0.242	2379	0.976	0.98	68.6423	0.219
1.129-1.159	0.24	191	0.212	1718	0.214	2285	0.976	0.981	83.5449	0.196
1.159-1.193	0.241	200	0.186	1804	0.191	2277	0.975	0.986	88.0105	0.176
1.193-1.23	0.213	191	0.185	1718	0.188	2160	0.979	0.986	88.3796	0.177
1.23-1.27	0.188	187	0.186	1680	0.186	2078	0.986	0.986	89.846	0.178
1.27-1.314	0.221	189	0.191	1703	0.194	2075	0.976	0.983	91.1807	0.18
1.314-1.364	0.216	179	0.173	1609	0.177	1969	0.98	0.987	90.8075	0.166
1.364-1.419	0.189	171	0.159	1539	0.162	1860	0.986	0.989	91.9355	0.156
1.419-1.482	0.214	169	0.152	1521	0.157	1832	0.979	0.99	92.2489	0.158
1.482-1.554	0.17	158	0.147	1428	0.15	1718	0.986	0.991	92.3166	0.154
1.554-1.638	0.185	152	0.147	1371	0.15	1663	0.987	0.99	91.5815	0.159
1.638-1.737	0.179	142	0.159	1271	0.161	1549	0.985	0.988	91.2201	0.178
1.737-1.856	0.224	135	0.172	1221	0.177	1476	0.98	0.987	91.8699	0.202
1.856-2.004	0.16	129	0.15	1162	0.151	1372	0.991	0.991	94.0962	0.195
2.004-2.194	0.171	119	0.154	1066	0.156	1257	0.987	0.99	94.2721	0.209
2.194-2.45	0.182	106	0.173	957	0.173	1124	0.984	0.988	94.573	0.25
2.45-2.825	0.213	96	0.188	858	0.191	1010	0.972	0.986	94.4554	0.27
2.825-3.449	0.221	79	0.196	719	0.198	858	0.975	0.983	93.007	0.314
3.449-4.831	0.314	65	0.207	579	0.217	656	0.961	0.983	98.1707	0.384
4.831-24.992	0.351	37	0.274	331	0.28	375	0.967	0.979	98.1333	0.61

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関連情報:EMDBヘッダ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)