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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6udz | |||||||||
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Title | S2 symmetric peptide design number 4 crystal form 1, Pugsley | |||||||||
![]() | S2-4, Pusgley crystal form 1 | |||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() ![]() | |||||||||
Biological species | synthetic construct (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
Model details | S2 symmetric cyclic peptide | |||||||||
![]() | Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Antselovich, I. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Computational design of mixed chirality peptide macrocycles with internal symmetry. Authors: Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Sawaya, M.R. / Rettie, S. / Li, X. / Antselovich, I. / Craven, T.W. / Watkins, A.M. / Labonte, J.W. / DiMaio, F. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 15.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 11.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6ucxC ![]() 6ud9C ![]() 6udrC ![]() 6udwC ![]() 6uf4C ![]() 6uf7C ![]() 6uf8C ![]() 6uf9C ![]() 6ufaC ![]() 6ufuC ![]() 6ug2C ![]() 6ug3C ![]() 6ug6C ![]() 6ugbC ![]() 6ugcC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein/peptide | Mass: 1120.316 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) | ||||
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#2: Chemical | ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 / Details: 3.2 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate, pH 5.0 |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 22, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.1→20.4 Å / Num. obs: 4083 / % possible obs: 83.6 % / Redundancy: 3.308 % / Biso Wilson estimate: 6.65 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 4.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.1→20.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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