[日本語] English
万見
- PDB-6ucj: proIAPP in DPC Micelles - Two-Conformer Ensemble Refinement, Open... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ucj
タイトルproIAPP in DPC Micelles - Two-Conformer Ensemble Refinement, Open Conformer
要素Islet amyloid polypeptideアミリン (ホルモン)
キーワードHORMONE (ホルモン) / membrane-binding / IDP / amyloid (アミロイド)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of cAMP-mediated signaling ...: / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of cAMP-mediated signaling / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of calcium-mediated signaling / bone resorption / sensory perception of pain / osteoclast differentiation / hormone activity / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / receptor ligand activity / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / lipid binding / apoptotic process / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
アミリン (ホルモン) / Calcitonin-like / Calcitonin peptide-like / Calcitonin, conserved site / Calcitonin / CGRP / IAPP family signature. / カルシトニン / Calcitonin/adrenomedullin / Calcitonin / CGRP / IAPP family
類似検索 - ドメイン・相同性
アミリン (ホルモン)
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者DeLisle, C.F. / Malooley, A.L. / Banerjee, I. / Lorieau, J.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1651598 米国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Pro-islet amyloid polypeptide in micelles contains a helical prohormone segment.
著者: DeLisle, C.F. / Malooley, A.L. / Banerjee, I. / Lorieau, J.L.
履歴
登録2019年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Islet amyloid polypeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0451
ポリマ－8,0451
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 15N relaxation supports a tumbling time representative of monomeric proIAPP bound to one micelle
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 800structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Islet amyloid polypeptide / アミリン (ホルモン) / Amylin / Diabetes-associated peptide / DAP / Insulinoma amyloid peptide


分子量: 8045.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Islets of Langerhans / Cell: Beta / 遺伝子: IAPP / 器官: Pancreas膵臓 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10997

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HN(CA)CB
162isotropic13D 1H-15N NOESY
171isotropic23D (H)CCH-TOCSY
181anisotropic12D 1H-15N IPAP-HSQC
191anisotropic13D H-HCACO

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
micelle11.0 mM [U-13C; U-15N] CN-proIAPP-K4D, 200 mM DPC, 30 mM sodium acetate, 50 mM sodium chloride, 0.03 % w/w sodium azide, 90% H2O/10% D2OFor backbone / side-chain assignmentCN-proIAPP-K4D90% H2O/10% D2O
micelle21.0 mM [U-15N] N-proIAPP-K4D, 200 mM [U-100% 2H] DPC, 30 mM sodium acetate, 50 mM sodium chloride, 0.03 % w/w sodium azide, 90% H2O/10% D2OFor NOE collectionN-proIAPP-K4D90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMCN-proIAPP-K4D[U-13C; U-15N]1
200 mMDPCnatural abundance1
30 mMsodium acetatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
0.03 % w/wsodium azidenatural abundance1
1.0 mMN-proIAPP-K4D[U-15N]2
200 mMDPC[U-100% 2H]2
30 mMsodium acetatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
0.03 % w/wsodium azidenatural abundance2
試料状態イオン強度: 50 mM NaCl mM / Label: condition_1 / pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 305 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7502

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.48Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH2.48Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing1
simulated annealing2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 800 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る