PDB-6uc6: Crystal structure of BoNT/B receptor-binding domain in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uc6

タイトル

Crystal structure of BoNT/B receptor-binding domain in complex with VHH JLI-H11

要素

Botulinum neurotoxin type B
JLI-H11

キーワード

HYDROLASE/ANTITOXIN / Botulinum neurotoxin (BoNT) / VHH / receptor-binding domain /

TOXIN (毒素) /

ANTITOXIN (抗毒素) / HYDROLASE-ANTITOXIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Toxicity of botulinum toxin type B (botB) /

ボツリヌストキシン / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity /

metalloendopeptidase activity /

toxin activity /

lipid binding / host cell plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32005878384 Å

データ登録者

Lam, K. / Jin, R.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into Rational Design of Single-Domain Antibody-Based Antitoxins against Botulinum Neurotoxins
著者: Lam, K. / Tremblay, J.M. / Vazquez-Cintron, E. / Perry, K. / Ondeck, C. / Webb, R. / McNutt, P.M. / Shoemaker, C.B. / Jin, R.

履歴

登録	2019年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uc6.cif.gz	524.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uc6.ent.gz	382.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uc6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/6uc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/6uc6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6uftC 6uhtC 6ui1C 6ul4C 6ul6C 2nm1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ogn-d 6uht-2 1r8j-d 6zpv-d 7b9w-2 4c4a-d 5xe3-d 4kbg-d 7b6o-2 1opj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Botulinum neurotoxin type B

C: JLI-H11

B: Botulinum neurotoxin type B

D: JLI-H11

138 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Botulinum neurotoxin type B

C: JLI-H11

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
69.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Botulinum neurotoxin type B

D: JLI-H11

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.21, 73.276, 76.367
Angle α, β, γ (deg.)	87.833, 65.745, 66.551
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Botulinum neurotoxin type B / BoNT/B / Bontoxilysin-B 分子量: 52534.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: botB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10844, ボツリヌストキシン
#2: 抗体	JLI-H11 分子量: 16530.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.67 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M KCl, 15 % PEG 5000 MME, 0.1 M MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→44.58 Å / Num. obs: 54491 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 39.5066366088 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 2.32→2.39 Å / R_merge(I) obs: 0.484 / Num. unique obs: 4465 / CC_1/2: 0.81 / R_pim(I) all: 0.484

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PHENIX	1.9_1692	モデル構築
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NM1

2nm1

解像度: 2.32005878384→37.4802763841 Å / SU ML: 0.298855072981 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96873750686 / 位相誤差: 25.777399118

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22226131306	2764	5.07425969782 %
R_work	0.17008565026	51707	-
obs	0.172791002619	54471	98.5365412446 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.9821761911 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32005878384→37.4802763841 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8920	0	0	325	9245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00807835491788	9144
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.01813494627	12332
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0450323149764	1283
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00369490387672	1575
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0599176743	3375

LS精密化シェル

解像度: 2.3201→2.3601 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333830633019	160	-
R_work	0.252666051031	2578	-
obs	-	-	97.5071225071 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.52522710746	-0.535395101625	0.328040899559	4.11104424816	0.100780657025	1.8471264386	-0.0542419803578	-0.304734468878	-0.125331495012	1.25413539806	-0.0960036828035	-0.641279820545	0.310497203975	0.123446984305	0.108923218284	0.795038418498	-0.0952166496164	-0.138631993002	0.372809500465	0.0357125521091	0.394072082977	30.1200602748	-12.3177697549	22.603869405
2	2.51998000664	-1.47617630995	-0.0589318714844	3.71237132948	-0.472537130436	0.755620979798	0.0461115309421	0.107403888402	0.246058769045	0.422502985569	-0.0756365649485	-0.233187143793	-0.0765057892043	0.00152842199026	0.0257916916431	0.379835538455	-0.0999747699563	0.029402456893	0.288466052736	-0.0162888465057	0.2273602091	18.3553943073	3.69857607308	12.4976468327
3	1.09237216492	-0.0676555889878	-0.0885724565045	2.17777822014	-0.830496325242	1.36264787481	0.18803347685	0.557277098257	0.18016951145	-0.267187857805	-0.123648913785	0.339146893266	0.0579767839216	-0.218338298041	-0.126275490897	0.336782087039	-0.00869997989637	0.00395934925583	0.426730142183	0.0132481541646	0.32578016389	4.95335582241	8.75088173486	-0.222493279957
4	3.11797863441	-0.196633805891	0.300851858551	5.92034420716	-1.40923308312	3.61622292686	0.268460865334	0.631959201954	0.472601740682	-0.657307491023	-0.0341869426177	-0.0048618662427	-0.112432674081	-0.0460280212522	-0.190524214424	0.34466950153	-0.0214155569641	0.0753315668708	0.396036639752	0.0524425506366	0.364653904654	15.1169941658	12.5946730473	-0.202597640608
5	7.76069932156	0.223429213806	-5.74923035785	1.28826262737	0.584815694294	9.20500403735	0.298574052873	0.129092747198	0.831643463756	0.327019637772	0.178239993529	0.731182948333	-0.32151833049	-0.214858177693	-0.58965792352	0.262255457776	0.0318278248809	-0.000873398810555	0.289538882654	0.0484952493944	0.431469112549	-20.2135077718	10.9756822714	25.8701450741
6	5.87925162479	0.745581203731	-4.14156079487	3.80127177215	-0.246060141815	2.92657697272	0.102407578897	1.25152073006	0.152048295587	-0.356640068447	0.10390090428	0.408006551355	-0.60878447403	-1.25035884414	-0.201724182078	0.2700051133	0.00267598433658	-0.00881956063956	0.560940439904	0.0265395878575	0.421795126936	-15.9135930021	11.7371716777	11.6978651561
7	2.08687873648	-0.664595777583	-4.38946957729	0.221624730037	1.38899918697	9.29301576741	-0.190330079467	0.142451605792	0.159735193343	0.226010373357	0.109389317019	0.0243246256816	0.259390514608	-0.0651863768685	0.163299433062	0.314245355134	-0.0103307809457	0.0410566040094	0.315593745235	0.022639517283	0.426884755774	-10.6822812039	5.91926224187	21.2856179891
8	2.00183215037	-2.14460665693	-1.30851222416	7.32171178861	3.61457965305	1.82826738276	-0.393912373477	-0.277685501564	0.336496386034	0.522445973616	0.786504737878	-0.934194588639	0.440399749743	2.07479290179	-0.101653609391	0.208606133275	0.100678317999	-0.0567323551948	0.688699917011	-0.0418751369749	0.439821390789	-8.09440055943	3.25239293517	26.2450903737
9	6.59994716152	5.71953725436	-5.40558966912	9.64660756362	-7.2170391428	6.30865657464	-0.148774419571	0.26442040872	-0.887722290519	-0.302745067179	0.289767833992	-0.399223558148	1.88821402594	-0.291908436694	-0.0525638259028	0.403041822696	0.0202240123176	-0.0363057710606	0.299969027223	0.0184727553406	0.597189579086	-15.2881229199	-3.49443457847	17.8537496481
10	5.04894707697	2.49863182167	-3.50543706994	6.53779319577	-4.65976755376	9.80930155103	0.121918786128	0.441322910779	0.260011446651	-0.168137495964	0.208221259874	0.564811803972	0.0650706077566	-0.146415528944	-0.388738984935	0.272207738443	-0.0770579151202	0.0223844902765	0.416399327222	0.0477111195352	0.447255101151	-20.8659865508	6.59682947216	14.8531302557
11	3.85633135749	0.556083762176	-3.26337587633	0.494901084012	-0.240818119987	2.85702106803	-0.247078767964	-0.139858973785	-0.21845068446	-0.0134478783111	0.189358704793	0.00138905819831	0.236874645198	0.08843189842	0.079688323904	0.325009501252	0.0296266354252	0.0253676718062	0.348551483159	-0.00403392055117	0.43670349596	-10.3932854017	4.52269686189	22.7755351223
12	4.43986282488	-1.68786631515	-3.77375666149	3.75596785229	3.16756345205	4.1651161081	-0.762152103467	-0.949465038241	0.599990870836	0.691525628844	0.78905630996	-0.00509235459916	-0.389644169255	-0.00185790489993	-0.198222053525	0.495995615622	0.0531841402372	0.0399150006775	0.574701025915	0.018290020762	0.448872759517	-5.69760141596	15.6973215733	24.2827293023
13	5.2933720488	5.30119646141	-4.83308000332	5.3312783761	-4.84599613177	4.45750526752	0.570407289978	0.200830288503	0.564792111837	1.10634090468	0.359448890748	0.651246049106	-0.355553919293	-0.724411448297	-0.937744364471	0.446426518261	0.0470995202742	0.0327758878805	0.413855063299	0.0908022375181	0.486620613993	-20.7428592937	7.88297537268	35.7915267601
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17	2.5692085493	0.340694414268	-0.896548126464	2.32004355584	-1.10329175163	3.5573459177	0.272714848919	0.232085612507	0.764085709009	-0.201671542001	-0.0564589057754	-0.0398150183183	-0.677121695261	0.167694009445	-0.111848619709	0.445029432038	-0.0195557484525	0.0544539336585	0.285071633944	0.0660707166414	0.481191785563	27.2345139592	44.3032046648	41.7590766842
18	3.27862446459	-0.0906824792297	-1.30165073235	5.09689949106	-0.854951346057	4.35442766025	0.21566561283	0.443546158769	0.844424466464	-0.253528810764	0.0514979321811	0.195039946652	-0.785979442038	-0.18161762522	-0.185268918238	0.413604981859	0.0576903774786	0.0299154005134	0.343609210125	0.0995349267195	0.489334951536	17.3672013409	43.575800716	39.5115265179
19	6.11173822889	-5.27036176987	0.0715585958756	9.67383672791	-0.123950861994	2.79741336792	0.242661528458	0.159558648679	0.735787825668	-0.113200922029	-0.0471187720039	-0.608136842387	-0.307790611581	0.289255339244	-0.237092356138	0.308632273846	-0.0532390596609	0.0508796404172	0.451594569675	0.0237038319273	0.336442348868	53.7167998769	24.6653476802	36.4380092104
20	4.10612023138	-2.43258246345	-0.360351194451	7.40979575155	1.60697297466	4.68915595448	0.057971400894	-0.270310802168	0.0288420015278	0.158269245684	-0.127383411807	0.0588339266072	-0.00133406368808	0.0828973436604	0.0620595964322	0.194163953631	-0.0469209034079	0.0640649681106	0.418636265103	0.0264541642849	0.384385093633	45.6751626789	27.668440102	45.5257423177
21	7.15365014749	-1.38599924938	3.41378364901	2.28539400846	-1.64384596153	4.15661539856	0.0519103063662	-0.46910903159	0.30428688851	0.247566571017	-0.117179106752	-0.078870831901	-0.55377349923	0.792122761484	0.0596356440315	0.358633873121	-0.0932851403471	0.114573344552	0.527901917432	-0.0342895819849	0.408119831661	54.6798113127	30.1066214241	44.5145797825
22	6.67039096937	-4.43054882585	-0.661102720795	6.52107827304	1.47813908007	1.34737261141	0.09031705187	0.258989308115	-0.0876956623381	-0.142957810619	-0.0778295494063	-0.199721007158	-0.00636047768225	0.170062035859	-0.000524530015874	0.221693236323	-0.021041503111	0.0438168781745	0.387741983712	0.0744405431244	0.333714377117	44.1470997194	22.5932448986	41.9462702449
23	5.02140910984	3.76092635301	-2.48717463309	5.36938171519	-1.73002379505	8.33327534078	0.308657257382	0.307948639962	-0.40282092867	0.0443193343698	-0.818638441279	-1.03543944324	1.77441623615	0.585526306886	0.513255404851	0.458006154847	0.088204048696	-0.0367649681959	0.405550012	-0.0492499647659	0.40323619353	56.4528965443	10.1405417221	39.1994921143

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 862 through 1053 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1054 through 1149 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1150 through 1221 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1222 through 1291 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 2 through 17 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 18 through 32 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 33 through 39 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 40 through 51 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 52 through 67 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 68 through 83 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 84 through 111 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 112 through 118 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 119 through 127 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 862 through 925 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 926 through 1089 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 1090 through 1149 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 1150 through 1221 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 1222 through 1291 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 0 through 25 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 26 through 64 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 65 through 83 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 84 through 118 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 119 through 127 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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