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Yorodumi- PDB-6u9s: Crystal structure of human CD81 large extracellular loop in compl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u9s | |||||||||
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Title | Crystal structure of human CD81 large extracellular loop in complex with 5A6 Fab | |||||||||
Components |
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Keywords | CELL ADHESION / tetraspanin / antibody | |||||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of macrophage migration / macrophage fusion ...positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of macrophage migration / macrophage fusion / immunological synapse formation / transferrin receptor binding / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / protein localization to lysosome / tetraspanin-enriched microdomain / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / MHC class II protein binding / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cholesterol binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / immunological synapse / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of receptor clustering / basal plasma membrane / protein localization to plasma membrane / Regulation of Complement cascade / regulation of protein stability / receptor internalization / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / virus receptor activity / MHC class II protein complex binding / basolateral plasma membrane / vesicle / positive regulation of MAPK cascade / focal adhesion / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | |||||||||
Authors | Susa, K.J. / Seegar, T.C.M. / Blacklow, S.C.B. / Kruse, A.C. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2020 Title: A dynamic interaction between CD19 and the tetraspanin CD81 controls B cell co-receptor trafficking. Authors: Susa, K.J. / Seegar, T.C. / Blacklow, S.C. / Kruse, A.C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6u9s.cif.gz | 484.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6u9s.ent.gz | 355.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6u9s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/6u9s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/6u9s | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24620.676 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Cell line (production host): Expi293F / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 24186.023 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Cell line (production host): Expi293F / Production host: Homo sapiens (human) #3: Protein | Mass: 10852.978 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CD81, TAPA1, TSPAN28 / Cell line (production host): Expi293F / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P60033 #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 Details: 0.2 Magnesium formate dihydrate, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.0, 18% w/v PEG MME 5000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 5, 2018 |
Radiation | Monochromator: Cryo-Cooled double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→49.52 Å / Num. obs: 46501 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 42.71 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.94 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.54 Å / Num. unique obs: 7210 / CC1/2: 0.166 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4S1D, 5TCX Resolution: 2.4→49.52 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 32.2686 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 78.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→49.52 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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