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- PDB-6u8d: Crystal structure of hepatitis C virus IRES junction IIIabc in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u8d
タイトルCrystal structure of hepatitis C virus IRES junction IIIabc in complex with Fab HCV2
要素
  • Heavy chain of Fab HCV2
  • JIIIabc RNA (68-MER)
  • Light chain of Fab HCV2
キーワードRNA/Immune System / Internal ribosome entry site (IRES) / hepatitis C virus (C型肝炎ウイルス) / Junction IIIabc / Antibody-assisted RNA crystallography / Viral translation / Viral RNA domains / RNA (リボ核酸) / RNA-Immune System complex
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepacivirus C (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.807 Å
データ登録者Koirala, D. / Lewicka, A. / Koldobskaya, Y. / Huang, H. / Piccirilli, J.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01AI081987 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM102489 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Synthetic Antibody Binding to a Preorganized RNA Domain of Hepatitis C Virus Internal Ribosome Entry Site Inhibits Translation.
著者: Koirala, D. / Lewicka, A. / Koldobskaya, Y. / Huang, H. / Piccirilli, J.A.
履歴
登録2019年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: JIIIabc RNA (68-MER)
H: Heavy chain of Fab HCV2
L: Light chain of Fab HCV2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4453
ポリマ－70,4453
非ポリマー00
水6,954386
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area30630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.705, 161.223, 96.978
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.660, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: RNA鎖 JIIIabc RNA (68-MER)


分子量: 22014.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: JIIIabc of hepatitis C virus IRES / 由来: (合成) Hepacivirus C (ウイルス)
#2: 抗体 Heavy chain of Fab HCV2


分子量: 25019.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Heavy chain of Fab HCV2 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Light chain of Fab HCV2


分子量: 23410.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Light chain of Fab HCV2 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M bis-tris pH 5.5, 45% 2-methyl-2,4-pentanediaol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.807→61.362 Å / Num. obs: 67168 / % possible obs: 98.73 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 40.54 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04042 / Rpim(I) all: 0.0232 / Rrim(I) all: 0.04674 / Net I/σ(I): 15.66
反射 シェル解像度: 1.807→1.872 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.134 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 6420 / CC1/2: 0.481 / Rpim(I) all: 0.6692 / % possible all: 94.58

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260)精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Fab HAVx, 6MWN

6mwn


解像度: 1.807→61.362 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2088 2005 2.99 %
Rwork0.1735 --
obs0.1746 67011 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 168.41 Å2 / Biso mean: 55.9495 Å2 / Biso min: 26.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.807→61.362 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3342 1460 0 386 5188
Biso mean---56.71 -
残基数----508
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8072-1.85240.3482143434293
1.8524-1.90250.3584130467499
1.9025-1.95850.3346149462699
1.9585-2.02170.2958144463999
2.0217-2.09390.317141460098
2.0939-2.17780.28741464703100
2.1778-2.27690.26451454672100
2.2769-2.39690.22961454665100
2.3969-2.54710.2227141469799
2.5471-2.74380.2383146466899
2.7438-3.01990.277142460098
3.0199-3.45680.25921404689100
3.4568-4.35510.15931430.13614704100
4.35510.14121500.1257472799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61270.0030.62210.72950.33051.7807-0.1160.24620.0156-0.1744-0.0179-0.028-0.28190.46990.07660.336-0.049-0.00970.52060.01010.399540.04148.27923.626
21.12570.81070.52151.6133-0.10810.81390.1279-0.0563-0.0784-0.08820.09650.24240.4323-0.077-0.13720.4737-0.0049-0.10130.32920.0010.3722.28913.02314.131
30.46460.32870.47111.8064-0.03320.79370.2032-0.1558-0.17880.2773-0.00240.0790.5251-0.1335-0.14820.5233-0.0665-0.05390.36710.03310.37330.7948.86130.929
40.24730.13560.20690.2841-0.09080.47550.0273-0.00610.0103-0.0362-0.00770.00290.10780.0825-0.02130.35920.0253-0.00760.4136-0.02240.3919.36230.51723.837
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 143:248 )A143 - 248
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 4:228 )H4 - 228
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN L AND RESID 1:215 )L1 - 215
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 301:459 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:424 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:403 )A301 - 459
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 301:459 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:424 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:403 )H301 - 424
6X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 301:459 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:424 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:403 )L301 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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