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万見
- PDB-6tyy: Hedgehog autoprocessing mutant D46H -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tyy
タイトルHedgehog autoprocessing mutant D46H
要素Protein hedgehog
キーワードSIGNALING PROTEIN / Hedgehog autoprocessing doamin
機能・相同性
機能・相同性情報


progression of morphogenetic furrow involved in compound eye morphogenesis / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / terminal cell fate specification, open tracheal system / cytoneme assembly / germ cell attraction / wing disc proximal/distal pattern formation / labial disc development / regulation of cell proliferation involved in compound eye morphogenesis / Bolwig's organ morphogenesis / Release of Hh-Np from the secreting cell ...progression of morphogenetic furrow involved in compound eye morphogenesis / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / terminal cell fate specification, open tracheal system / cytoneme assembly / germ cell attraction / wing disc proximal/distal pattern formation / labial disc development / regulation of cell proliferation involved in compound eye morphogenesis / Bolwig's organ morphogenesis / Release of Hh-Np from the secreting cell / Ligand-receptor interactions / leg disc morphogenesis / Formation and transport of the N-HH ligand / regulation of epithelial cell migration, open tracheal system / morphogenesis of larval imaginal disc epithelium / cell-cell signaling involved in cell fate commitment / Assembly of the 'signalling complexes' / gonadal mesoderm development / compound eye photoreceptor cell differentiation / wing disc pattern formation / Hedgehog ligand biogenesis / : / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / imaginal disc growth / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / epithelial cell migration, open tracheal system / trunk segmentation / heart formation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / compound eye morphogenesis / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation / morphogen activity / mucosal immune response / hindgut morphogenesis / segment polarity determination / ventral midline development / foregut morphogenesis / cholesterol-protein transferase activity / imaginal disc-derived wing morphogenesis / compartment pattern specification / glial cell migration / developmental pigmentation / patched binding / germ cell migration / self proteolysis / embryonic pattern specification / positive regulation of protein localization to cell surface / intein-mediated protein splicing / cell fate specification / smoothened signaling pathway / positive regulation of neuroblast proliferation / protein autoprocessing / endocytic vesicle / epidermis development / regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of proteolysis / heart development / peptidase activity / cytoplasmic vesicle / 遺伝子発現の調節 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / エンドソーム / calcium ion binding / extracellular space / extracellular region / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Hedgehog, N-terminal signalling domain / ヘッジホッグシグナル伝達経路 / Hedgehog protein, Hint domain / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region ...Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Hedgehog, N-terminal signalling domain / ヘッジホッグシグナル伝達経路 / Hedgehog protein, Hint domain / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Li, H. / Li, Z. / Wang, C. / Callahan, B.P.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI140726 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI141178 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA206592 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: General Base Swap Preserves Activity and Expands Substrate Tolerance in Hedgehog Autoprocessing.
著者: Zhao, J. / Ciulla, D.A. / Xie, J. / Wagner, A.G. / Castillo, D.A. / Zwarycz, A.S. / Lin, Z. / Beadle, S. / Giner, J.L. / Li, Z. / Li, H. / Banavali, N. / Callahan, B.P. / Wang, C.
履歴
登録2019年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein hedgehog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9991
ポリマ－15,9991
非ポリマー00
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.381, 78.381, 37.351
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Protein hedgehog


分子量: 15999.280 Da / 分子数: 1 / 変異: D46H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: hh, CG4637 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02936
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes, pH 7.5, 3.4 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→100 Å / Num. obs: 28219 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 1.136 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 131992
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.36-1.382.90.92413670.6240.6421.1340.81296.3
1.38-1.414.10.88913860.6890.4961.0220.52499.8
1.41-1.444.70.75714050.7350.3880.8530.591100
1.44-1.474.80.65613930.8130.3320.7370.743100
1.47-1.54.90.5214210.8390.260.5830.73499.9
1.5-1.534.80.47813990.8580.2450.5390.9499.6
1.53-1.574.80.32314150.9240.1620.3620.57799.8
1.57-1.614.70.26213970.9450.1350.2960.57199.9
1.61-1.664.20.21414110.960.1170.2440.5799.8
1.66-1.714.90.18113950.9770.0890.2020.61599.6
1.71-1.775.10.14914310.9830.0720.1660.66899.9
1.77-1.855.10.1113860.9920.0530.1220.70699.9
1.85-1.934.90.11914180.9880.0590.1331.39199.8
1.93-2.034.90.07414040.9950.0370.0831.14999.9
2.03-2.164.60.0714210.9910.0370.0791.55499.6
2.16-2.334.20.05614060.9930.0320.0651.65899.6
2.33-2.565.30.0514340.9970.0240.0551.788100
2.56-2.935.20.04314250.9980.0210.0482.07399.9
2.93-3.694.90.03714330.9980.0190.0422.4399.7
3.69-1004.60.02914720.9990.0150.0332.14598.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AT0

1at0


解像度: 1.36→25.656 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1949 1994 7.08 %
Rwork0.1705 --
obs0.1722 28172 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.69 Å2 / Biso mean: 19.5345 Å2 / Biso min: 7.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.36→25.656 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1122 0 0 161 1283
Biso mean---31.26 -
残基数----146
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.3603-1.39440.43621400.4232180796
1.3944-1.43210.40151420.35441842100
1.4321-1.47420.36951420.28361858100
1.4742-1.52180.29841410.22821869100
1.5218-1.57620.25191410.20711864100
1.5762-1.63930.20971420.19311869100
1.6393-1.71380.20071390.1881850100
1.7138-1.80420.2321430.17441881100
1.8042-1.91720.19441410.17761868100
1.9172-2.06520.19371470.15741881100
2.0652-2.27290.17641390.15121858100
2.2729-2.60150.15951410.1661889100
2.6015-3.27650.17791470.15391901100
3.2765-25.6560.15491490.13821941100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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