PDB-6twz: 14-3-3 sigma complexed with a phosphorylated 16E6 peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6twz

タイトル

14-3-3 sigma complexed with a phosphorylated 16E6 peptide

要素

14-3-3 protein sigma
phosphorylated 16E6 peptide

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN /

phosphorylation (リン酸化) / motif /

14-3-3 protein (14-3-3タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epidermal cell division /

protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development /

ケラチン / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Gogl, G. / Cousido-Siah, A. / Sluchanko, N.N. / Trave, G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Dual Specificity PDZ- and 14-3-3-Binding Motifs: A Structural and Interactomics Study.
著者: Gogl, G. / Jane, P. / Caillet-Saguy, C. / Kostmann, C. / Bich, G. / Cousido-Siah, A. / Nyitray, L. / Vincentelli, R. / Wolff, N. / Nomine, Y. / Sluchanko, N.N. / Trave, G.

履歴

登録	2020年1月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6twz.cif.gz	445.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6twz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6twz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/6twz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/6twz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6twqC 6twuC 6twxC 6twyC 5lu2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t5f-2 6hhp-1 6hn2-1 6hkf-1 6t5f-1 6yp2-1 7d8h-1 6kzg-d 6y3o-1 5lu2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
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類似性 (1)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 14-3-3 protein sigma

B: 14-3-3 protein sigma

C: 14-3-3 protein sigma

D: 14-3-3 protein sigma

E: phosphorylated 16E6 peptide

F: phosphorylated 16E6 peptide

G: phosphorylated 16E6 peptide

D000: phosphorylated 16E6 peptide

ヘテロ分子

111 kDa, 8 ポリマー
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1

A: 14-3-3 protein sigma

B: 14-3-3 protein sigma

E: phosphorylated 16E6 peptide

D000: phosphorylated 16E6 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
55.4 kDa, 4 ポリマー
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2

C: 14-3-3 protein sigma

D: 14-3-3 protein sigma

F: phosphorylated 16E6 peptide

G: phosphorylated 16E6 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.580, 107.420, 79.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.289, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-302- B3P

#1: タンパク質	14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin / CLU1 分子量: 26257.537 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド	phosphorylated 16E6 peptide 分子量: 1316.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
#3: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸 / 酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 化合物	ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] / Bis-tris propane 分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₆N₂O₆ / コメント: pH緩衝剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.59 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG3350, 0.1M Bis-Tris-Propane (pH 6.5), 0.2M K/Na-tartarate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→49 Å / Num. obs: 34835 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 70.64 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.23
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2543 / CC_1/2: 0.458

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LU2

5lu2

解像度: 2.8→48.56 Å / SU ML: 0.4231 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.4234

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2356	1761	5.06 %
R_work	0.2027	-	-
obs	0.2043	34827	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7527	0	59	0	7586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0036	7684
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5547	10358
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0331	1153
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0023	1349
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.1663	2903

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.88	0.3711	145	0.3367	2504	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.88-2.96	0.362	120	0.3045	2540	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.96-3.06	0.3703	129	0.2923	2525	X-RAY DIFFRACTION	99.03
3.06-3.17	0.3306	122	0.287	2537	X-RAY DIFFRACTION	99.22
3.17-3.29	0.3129	135	0.2802	2544	X-RAY DIFFRACTION	99.33
3.29-3.44	0.2842	139	0.2462	2518	X-RAY DIFFRACTION	99.4
3.44-3.62	0.2686	131	0.2217	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.62-3.85	0.253	137	0.2055	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.44
3.85-4.15	0.2164	139	0.1812	2518	X-RAY DIFFRACTION	99.48
4.15-4.56	0.176	139	0.1583	2543	X-RAY DIFFRACTION	99.59
4.56-5.22	0.1972	136	0.1639	2554	X-RAY DIFFRACTION	99.67
5.22-6.58	0.2318	139	0.2053	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.67
6.58-48.56	0.1879	150	0.1635	2594	X-RAY DIFFRACTION	99.42

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7287132734	1.01049794874	-2.01687211986	5.75852280204	-0.64825161475	5.297003341	0.796643062998	1.00461220567	0.0622020136764	-2.52489878911	-0.405704132813	0.735252835685	-0.383914004364	0.288417392746	-0.365647148147	2.05643382002	0.314464871115	-0.170162364202	0.637772122952	-0.101951214901	0.756963508726	-79.8246456263	7.78278599995	10.9190632239
2	3.64997600332	-0.570190597281	-1.18931216686	8.36559106352	1.46847732761	3.72431403172	0.103864265984	0.0422318143405	-0.265660259826	-0.690086762819	-0.220603909692	1.28598483231	0.0875166900488	-0.388018839515	0.110474680156	0.632157740374	-0.0576982888902	-0.155104480791	0.451204117822	-0.0628494313437	0.922421528937	-86.1774854058	5.04788459712	30.5490601613
3	5.98995114379	-1.5102941003	-0.975314535922	6.75137573228	0.94874724489	5.87274657311	-0.441967855957	-0.173863702988	0.151180773564	1.25878721003	0.393915663144	-0.130365159793	0.899406919822	0.312620996166	0.0393906590512	0.913489534912	0.0493233482667	-0.172184031191	0.353266541433	-0.030424405881	0.76847673216	-74.6208998795	-9.66703136924	37.5912238692
4	1.60059896961	-2.29146630746	-3.3380986606	3.11408236842	4.57306619991	6.82239833143	-0.33132745858	-1.47400843924	1.42843987443	1.13293365308	0.314898290614	0.540476879731	0.330217742359	-0.0692520637929	0.0544059184912	0.903223783807	-0.0533355670522	0.130006879584	0.51658968802	-0.179336686108	1.17159647295	-91.1358550581	28.5869481381	42.1024314309
5	7.24960967028	-0.463102311923	-3.43035382421	5.54258455413	1.59853584882	9.07336335403	-0.178231042338	0.0642813571336	-0.0282463051654	-0.940874804294	-0.0557305935998	0.648431752144	0.13960535084	-0.183155624551	0.257660549984	0.708653389661	-0.0335772960995	-0.136311232993	0.336001652103	-0.0522562316148	0.806634540065	-81.97843778	28.8390007452	28.3788103163
6	2.85400350121	-1.36064558192	-4.21627526351	7.54114210633	1.48886452117	6.31068875489	-1.23552965697	0.487087284226	-0.382126727021	-0.616035134111	-0.319226168997	-1.31215356379	1.4038299754	1.22586547532	1.57286089423	1.28341070996	0.157225998335	0.116973898443	1.29796905373	0.0646456459985	0.964898024877	-71.9426753254	15.7887721536	0.858076835017
7	4.60816804397	0.157714355851	-1.65925573948	6.031236792	4.87787730438	5.29621742668	-0.0843050002763	0.524147077174	0.565972305131	-2.87792870843	0.0724477825543	0.957378391103	-0.174721793945	-0.41042349807	0.227370711338	1.66699651105	0.00170153206809	-0.48967495638	0.54076128037	0.00153732034506	0.857973413381	-84.2306654819	27.7240291683	16.4545313144
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4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 15 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 16 through 69 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 70 through 79 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 80 through 105 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 106 through 113 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 114 through 166 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 167 through 186 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 187 through 203 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 204 through 231 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid -1 through 18 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 19 through 37 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 38 through 69 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 70 through 79 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 80 through 105 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 106 through 161 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 162 through 203 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 204 through 231 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid -2 through 15 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 16 through 37 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 38 through 105 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 106 through 161 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 162 through 231 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 151 through 158 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 151 through 158 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 151 through 158 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'I' and (resid 151 through 158 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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