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- PDB-6twf: Human CD73 (ecto 5'-nucleotidase) in complex with PSB12604 (an AO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6twf
タイトルHuman CD73 (ecto 5'-nucleotidase) in complex with PSB12604 (an AOPCP derivative, compound 21 in publication) in the closed state
要素5'-nucleotidase5'-ヌクレオチダーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / nucleotide analog / eN / 5NT / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


チミジル酸-5'-ホスファターゼ / thymidylate 5'-phosphatase activity / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / adenosine biosynthetic process / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process ...チミジル酸-5'-ホスファターゼ / thymidylate 5'-phosphatase activity / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / adenosine biosynthetic process / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process / GMP 5'-nucleotidase activity / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity / ニコチン酸 / Purine catabolism / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-ヌクレオチダーゼ / 5'-nucleotidase activity / leukocyte cell-cell adhesion / DNA metabolic process / response to ATP / response to inorganic substance / calcium ion homeostasis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / ATP metabolic process / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / 細胞膜 / extracellular exosome / zinc ion binding / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-nucleotidase signature 1. / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases ...5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-nucleotidase signature 1. / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O05 / 5'-ヌクレオチダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Pippel, J. / Strater, N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)STR 477/13-2 ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: 2-Substituted alpha , beta-Methylene-ADP Derivatives: Potent Competitive Ecto-5'-nucleotidase (CD73) Inhibitors with Variable Binding Modes.
著者: Bhattarai, S. / Pippel, J. / Scaletti, E. / Idris, R. / Freundlieb, M. / Rolshoven, G. / Renn, C. / Lee, S.Y. / Abdelrahman, A. / Zimmermann, H. / El-Tayeb, A. / Muller, C.E. / Strater, N.
履歴
登録2020年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年4月8日Group: Database references / Non-polymer description / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.formula / _citation.journal_volume ..._chem_comp.formula / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9425
ポリマ－59,2601
非ポリマー6814
水724
1
A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,88310
ポリマ－118,5212
非ポリマー1,3638
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area2620 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area40170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.453, 97.217, 234.369
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 5'-nucleotidase / 5'-ヌクレオチダーゼ / 5'-NT / Ecto-5'-nucleotidase


分子量: 59260.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5E, NT5, NTE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21589, 5'-ヌクレオチダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-O05 / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-azanyl-2-piperazin-4-ium-1-yl-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]methylphosphonic acid


分子量: 510.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26N7O9P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Reservoir: 5-8 % (w/v) polyethylene glycol 6000, 0.1 M NaMES pH 5.5-6.0. Drop: 1 microL crystallization buffer + 1 microL of 3 mg/mL protein in 10 mM Tris pH 8.0, 100 microM ZnCl2 and 1 mM of ...詳細: Reservoir: 5-8 % (w/v) polyethylene glycol 6000, 0.1 M NaMES pH 5.5-6.0. Drop: 1 microL crystallization buffer + 1 microL of 3 mg/mL protein in 10 mM Tris pH 8.0, 100 microM ZnCl2 and 1 mM of compound. Cryo: 25% PEG200, 0.1 M Na-MES pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.6 Å / Num. obs: 21964 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 57.26 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.201 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.223 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 118507
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.65.33.131286124350.2461.4613.4650.799.8
9.01-47.64.50.03222985130.9990.0160.03638.997.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
Aimless0.2.8データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4h2i

4h2i


解像度: 2.5→47.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9093 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8957 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.504 / SU Rfree Blow DPI: 0.286
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2618 565 2.68 %RANDOM
Rwork0.2199 ---
obs0.221 21045 95.44 %-
原子変位パラメータBiso max: 212.61 Å2 / Biso mean: 108.59 Å2 / Biso min: 58.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.7776 Å20 Å20 Å2
2---46.4859 Å20 Å2
3---28.7083 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.613 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→47.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4062 0 58 4 4124
Biso mean--120.31 79.51 -
残基数----522
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1836SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes108HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1221HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8264HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion537SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8784SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8264HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14981HARMONIC21.24
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.89
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2749 61 2.49 %
Rwork0.2349 2387 -
all0.2359 2448 -
obs--95.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7272-0.86932.93241.9123-0.398410.22860.25520.6935-0.2533-0.2428-0.006-0.111-0.43710.6967-0.2492-0.60470.02590.0307-0.3765-0.143-0.7264-21.18421.4391-16.072
22.539-0.20220.17062.19732.34799.9803-0.35790.0095-0.0622-0.14690.8667-0.3498-1.43451.5544-0.5088-0.5172-0.32110.17010.027-0.184-0.8033-18.335918.9203-47.9602
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|26 - 335}A26 - 335
2X-RAY DIFFRACTION2{A|336 - 549}A336 - 549

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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