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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tw4 | |||||||||
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タイトル | HumRadA22F in complex with compound 6 | |||||||||
要素 | DNA repair and recombination protein RadA | |||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / RAD51 / RECOMBINASE / DNA REPAIR | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA recombinase assembly / mitotic recombination / DNA strand invasion / DNA strand exchange activity / ATP-dependent DNA damage sensor activity / double-stranded DNA binding / single-stranded DNA binding / damaged DNA binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (古細菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å | |||||||||
データ登録者 | Marsh, M.E. / Scott, D.E. / Coyne, A.G. / Skidmore, J. / Abell, C. / Hyvonen, M. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2021 タイトル: A small-molecule inhibitor of the BRCA2-RAD51 interaction modulates RAD51 assembly and potentiates DNA damage-induced cell death. 著者: Scott, D.E. / Francis-Newton, N.J. / Marsh, M.E. / Coyne, A.G. / Fischer, G. / Moschetti, T. / Bayly, A.R. / Sharpe, T.D. / Haas, K.T. / Barber, L. / Valenzano, C.R. / Srinivasan, R. / ...著者: Scott, D.E. / Francis-Newton, N.J. / Marsh, M.E. / Coyne, A.G. / Fischer, G. / Moschetti, T. / Bayly, A.R. / Sharpe, T.D. / Haas, K.T. / Barber, L. / Valenzano, C.R. / Srinivasan, R. / Huggins, D.J. / Lee, M. / Emery, A. / Hardwick, B. / Ehebauer, M. / Dagostin, C. / Esposito, A. / Pellegrini, L. / Perrior, T. / McKenzie, G. / Blundell, T.L. / Hyvonen, M. / Skidmore, J. / Venkitaraman, A.R. / Abell, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tw4.cif.gz | 66.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tw4.ent.gz | 45.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tw4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tw4_validation.pdf.gz | 675.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6tw4_full_validation.pdf.gz | 677.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6tw4_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tw4_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/6tw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/6tw4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26714.355 Da / 分子数: 1 / 断片: humRadA22F 変異: S167K, V168A, I169M, W170Y, N175G, I182L, R183L, D192S, P193G D194S, E195D, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, D220A, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, K263R, ...変異: S167K, V168A, I169M, W170Y, N175G, I182L, R183L, D192S, P193G D194S, E195D, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, D220A, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, K263R, H264F, A266R, D267M, L274E, Y275F 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌) 遺伝子: radA, PF1926 / プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O74036 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NZW / ~{ |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.68 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG8000, 0.08 M Na Cacodylate pH 6.5, 0.16M Ca acetate, 18% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月13日 / 詳細: none | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.73→40.39 Å / Num. all: 23054 / Num. obs: 23054 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.101 / Rsym value: 0.087 / Net I/av σ(I): 6.3 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 182953 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5J4L 解像度: 1.73→19.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9442 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9304 / SU R Cruickshank DPI: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.115 / SU Rfree Blow DPI: 0.108 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.106
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原子変位パラメータ | Biso max: 104.49 Å2 / Biso mean: 27.79 Å2 / Biso min: 10.88 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.173 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.73→19.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.73→1.81 Å / Total num. of bins used: 12
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