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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tvm | ||||||
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タイトル | LEDGF/p75 dimer (residues 345-467) | ||||||
要素 | PC4 and SFRS1-interacting protein | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / epigenetic reader / integrase-binding domain / domain-swapped dimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / ヘテロクロマチン ...supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / ヘテロクロマチン / nuclear periphery / ユークロマチン / response to heat / DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / クロマチンリモデリング / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Lux, V. / Veverka, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Molecular Mechanism of LEDGF/p75 Dimerization. 著者: Lux, V. / Brouns, T. / Cermakova, K. / Srb, P. / Fabry, M. / Madlikova, M. / Horejsi, M. / Kukacka, Z. / Novak, P. / Kugler, M. / Brynda, J. / DeRijck, J. / Christ, F. / Debyser, Z. / Veverka, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tvm.cif.gz | 2.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tvm.ent.gz | 2.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tvm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tvm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tvm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14644.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSIP1, DFS70, LEDGF, PSIP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75475 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] LEDGF, 20 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O Label: cn / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 120 mM / Label: cn1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 850 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30 |