PDB-6tud: Crystal structure of Y. pestis penicillin-binding protein 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tud

タイトル

Crystal structure of Y. pestis penicillin-binding protein 3

要素

Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) / Class B PBP /

Yersinia pestis (ペスト菌) / HMM transpeptidase /

periplasmic protein (ペリプラズム)

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan glycosyltransferase activity /

serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis /

serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly /

penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape /

タンパク質分解 /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Pankov, G. / Hunter, W.N. / Dawson, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of penicillin-binding protein 3 from Yersinia pestis
著者: Pankov, G.

履歴

登録	2020年1月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tud.cif.gz	191.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tud.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tud.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/6tud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/6tud	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6synSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lrz-d 7kiv-d 3pbo-d 1tf4-2 3tf4-2 1js4-2 6snr-d 6a94-1 7kiw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI

BBB: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI

119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
59.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI

登録者が定義した集合体
59.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.800, 100.800, 314.409
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein 3 / PBP-3 分子量: 59558.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: ftsI, YPO0549 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q0WJB8, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1 uL of protein (in 20 mM Tris-HCl pH 7.5 150 mM NaCl and 2 mM carbenicillin) at 7 mg/ml and 0.2 uL of precipitant (0.2 M magnesium acetate, 6% gamma-PGA (Na+ form, LM) and 6% PEG8000) ...詳細: 1 uL of protein (in 20 mM Tris-HCl pH 7.5 150 mM NaCl and 2 mM carbenicillin) at 7 mg/ml and 0.2 uL of precipitant (0.2 M magnesium acetate, 6% gamma-PGA (Na+ form, LM) and 6% PEG8000) Crystals were then dehydrated by replacing 50% of the reservoir solution with 50% PEG10000

結晶

マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 %

結晶化

温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1 uL of protein (in 20 mM Tris-HCl pH 7.5 150 mM NaCl and 2 mM carbenicillin) at 7 mg/ml and 0.2 uL of precipitant (0.2 M magnesium acetate, 6% gamma-PGA (Na+ form, LM) and 6% PEG8000) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9196 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9196 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→29.64 Å / Num. obs: 33546 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / B_iso Wilson estimate: 50.6 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.2 / R_pim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 3→3.15 Å / R_merge(I) obs: 1.099 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4365 / CC_1/2: 0.941 / R_pim(I) all: 0.518 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6SYN

6syn

解像度: 3→29.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 26.209 / SU ML: 0.403 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.048 / ESU R Free: 0.398 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2764	1713	5.12 %
R_work	0.2439	-	-
all	0.245	-	-
obs	-	33459	99.836 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.519 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.716 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.716 Å²	0 Å²
3-	-	-	-15.432 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→29.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7019	0	0	27	7046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	7154
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6891
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.197	1.642	9713
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.029	1.572	15922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.288	5	920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.564	20.976	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.545	15	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.879	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.033	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	8013
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.167	0.2	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	6505
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.146	0.2	3450
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	3290
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.182	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.576	8.845	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.573	8.843	3703
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.861	13.252	4616
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.861	13.254	4617
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.069	9.044	3450
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.069	9.045	3451
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.069	13.506	5097
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.069	13.508	5098
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.756	103.844	7540
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.756	103.838	7540

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.077	0.483	111	0.428	2289	X-RAY DIFFRACTION	100
3.077-3.16	0.427	130	0.387	2224	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.251	0.342	110	0.376	2179	X-RAY DIFFRACTION	99.9563
3.251-3.35	0.372	132	0.351	2047	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.458	0.285	107	0.33	2072	X-RAY DIFFRACTION	100
3.458-3.578	0.328	110	0.296	1974	X-RAY DIFFRACTION	100
3.578-3.711	0.374	112	0.293	1903	X-RAY DIFFRACTION	100
3.711-3.86	0.26	87	0.26	1862	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.028	0.305	89	0.232	1791	X-RAY DIFFRACTION	100
4.028-4.221	0.26	99	0.208	1691	X-RAY DIFFRACTION	100
4.221-4.444	0.22	81	0.188	1636	X-RAY DIFFRACTION	100
4.444-4.707	0.218	104	0.172	1528	X-RAY DIFFRACTION	100
4.707-5.023	0.238	67	0.167	1485	X-RAY DIFFRACTION	100
5.023-5.413	0.251	70	0.187	1377	X-RAY DIFFRACTION	100
5.413-5.91	0.259	65	0.24	1293	X-RAY DIFFRACTION	100
5.91-6.575	0.262	57	0.206	1165	X-RAY DIFFRACTION	100
6.575-7.531	0.231	66	0.191	1051	X-RAY DIFFRACTION	100
7.531-9.078	0.172	47	0.153	919	X-RAY DIFFRACTION	100
9.078-12.275	0.172	42	0.19	743	X-RAY DIFFRACTION	100
12.275-29.64	0.299	27	0.286	517	X-RAY DIFFRACTION	99.8165

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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