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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tpi | |||||||||
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タイトル | EnvC bound to the FtsX periplasmic domain | |||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / Complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 division septum / divisome complex / peptidoglycan-based cell wall biogenesis / Gram-negative-bacterium-type cell wall / septum digestion after cytokinesis / peptidoglycan turnover / plasma membrane protein complex / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / ATPase complex ...division septum / divisome complex / peptidoglycan-based cell wall biogenesis / Gram-negative-bacterium-type cell wall / septum digestion after cytokinesis / peptidoglycan turnover / plasma membrane protein complex / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / ATPase complex / cell division site / positive regulation of cell division / response to radiation / metalloendopeptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / hydrolase activity / response to xenobiotic stimulus / 細胞周期 / 細胞分裂 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Crow, A. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Insights into bacterial cell division from a structure of EnvC bound to the FtsX periplasmic domain. 著者: Cook, J. / Baverstock, T.C. / McAndrew, M.B.L. / Stansfeld, P.J. / Roper, D.I. / Crow, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tpi.cif.gz | 132.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tpi.ent.gz | 101 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tpi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/6tpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/6tpi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4bh5S 4n8oS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.5281/zenodo.3574434 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 110 - 205 / Label seq-ID: 3 - 98
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43117.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: envC, yibP, b3613, JW5646 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P37690 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 12262.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: ftsX, ftsS, b3462, JW3427 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P0AC30 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.15 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10% PEG 8000, 20 % Ethylene glycol, 0.1 M Tris/bicine pH8.5, ) 0.12M monosaccarides (glucose, mannose, galactose, fucose, xylose, NAG) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→55.823 Å / Num. obs: 43252 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3494 / CC1/2: 0.767 / Rpim(I) all: 0.577 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4BH5 and 4N8O 解像度: 2.1→55.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 7.669 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.2 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 209.69 Å2 / Biso mean: 58.531 Å2 / Biso min: 25.33 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→55.82 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 2391 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.2 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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