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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tpg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Orexin-2 receptor in complex with EMPA at 2.74 A resolution | ||||||
![]() | Orexin receptor type 2,GlgA glycogen synthase,Hypocretin receptor-2 | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / circadian sleep/wake cycle process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rappas, M. / Ali, A. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. ...Rappas, M. / Ali, A. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / Mason, J.S. / Mould, R. / Patel, J.C. / Tehan, B.G. / Weir, M. / Christopher, J.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Comparison of Orexin 1 and Orexin 2 Ligand Binding Modes Using X-ray Crystallography and Computational Analysis. 著者: Rappas, M. / Ali, A.A.E. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / ...著者: Rappas, M. / Ali, A.A.E. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / Mason, J.S. / Mould, R. / Patel, J.C. / Tehan, B.G. / Weir, M. / Christopher, J.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 221.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 174.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6to7C ![]() 6todC ![]() 6tosC ![]() 6totC ![]() 6tp3C ![]() 6tp4C ![]() 6tp6C ![]() 6tpjC ![]() 6tpnC ![]() 6tq4C ![]() 6tq6C ![]() 6tq7C ![]() 6tq9C ![]() 5wqcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64520.121 Da / 分子数: 1 変異: E54A Y91L D100A V142A R170L L206A Y219A M233A A242L L310V L318A T347A N14D N22D N202D C381W C382W C383W 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 遺伝子: HCRTR2, PAB2292 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O43614, UniProt: Q9V2J8, UniProt: Q548Y0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-7MA / ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-PG4 / ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-OLA / ![]() |
#5: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 100 mM trisodium citrate buffer 150-300 mM sodium chloride 28-43 % (v/v) polyethylene glycol 400 PH範囲: 5.0-6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.74→45.55 Å / Num. obs: 11345 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.977 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.74→2.98 Å / Num. unique obs: 475 / CC1/2: 0.346 |
-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5WQC 解像度: 2.741→45.548 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.71
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.3 Å2 / Biso mean: 41.959 Å2 / Biso min: 0.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.741→45.548 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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