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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tlg | ||||||
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タイトル | Ligand-free state of human 14-3-3 sigma isoform | ||||||
要素 | 14-3-3 protein sigma | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / human protein (タンパク質) / 14-3-3 (14-3-3タンパク質) / sigma isoform / h14-3-3sigma | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation ...regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein kinase A signaling / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Tassone, G. / Pozzi, C. / Mangani, S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020 タイトル: Identification of Phosphate-Containing Compounds as New Inhibitors of 14-3-3/c-Abl Protein-Protein Interaction. 著者: Iralde-Lorente, L. / Tassone, G. / Clementi, L. / Franci, L. / Munier, C.C. / Cau, Y. / Mori, M. / Chiariello, M. / Angelucci, A. / Perry, M.W.D. / Pozzi, C. / Mangani, S. / Botta, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tlg.cif.gz | 63 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tlg.ent.gz | 44 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tlg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/6tlg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/6tlg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31184.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / プラスミド: pPROEX-HTb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PEG / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.64 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 40 % wt/vol PEG 4000, 600mM ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, pH 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→86.44 Å / Num. obs: 19842 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2964 / CC1/2: 0.908 / Rpim(I) all: 0.216 / Rrim(I) all: 0.461 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1YZ5 解像度: 2.4→58.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 8.087 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.199 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 165.09 Å2 / Biso mean: 56.932 Å2 / Biso min: 25.82 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3716 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→58.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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