+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tla | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF LECTIN-LIKE OX-LDL RECEPTOR 1 (C 1 2 1) | ||||||
要素 | Oxidized low-density lipoprotein receptor 1 | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / LOX-1 / OLR1 / CTLD / C-TYPE LECTIN LIKE DOMAIN / SCAVENGER RECEPTOR / OXLDL BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 low-density lipoprotein particle receptor activity / lipoprotein metabolic process / 循環器 / leukocyte cell-cell adhesion / immune system process / tertiary granule membrane / specific granule membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / carbohydrate binding / receptor complex ...low-density lipoprotein particle receptor activity / lipoprotein metabolic process / 循環器 / leukocyte cell-cell adhesion / immune system process / tertiary granule membrane / specific granule membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / carbohydrate binding / receptor complex / 炎症 / 脂質ラフト / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / タンパク質分解 / extracellular region / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å | ||||||
データ登録者 | Nar, H. / Fiegen, D. / Schnapp, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Commun Chem / 年: 2020 タイトル: A small-molecule inhibitor of lectin-like oxidized LDL receptor-1 acts by stabilizing an inactive receptor tetramer state 著者: Nar, H. / Fiegen, D. / Schnapp, G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tla.cif.gz | 174.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6tla.ent.gz | 140.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tla.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/6tla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/6tla | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16910.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OLR1, CLEC8A, LOX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P78380 #2: 化合物 | ChemComp-MES / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.89 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6, 20% PEG6000, 0.2 M LiCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9101 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年12月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9101 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.16→109.75 Å / Num. obs: 22997 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.029 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 19.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.16→2.27 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3126 / Rpim(I) all: 0.32 / Rrim(I) all: 0.552 / % possible all: 90.5 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ypu 解像度: 2.16→55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU R Cruickshank DPI: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.262 / SU Rfree Blow DPI: 0.189 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.191
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 77.78 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.16→55 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.16→2.175 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|