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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tcm | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the omalizumab Fab - crystal form I | |||||||||
![]() | (Omalizumab Fab) x 2 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mitropoulou, A.N. / Ceska, T. / Beavil, A.J. / Henry, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J. / Davies, A.M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Engineering the Fab fragment of the anti-IgE omalizumab to prevent Fab crystallization and permit IgE-Fc complex crystallization. 著者: Mitropoulou, A.N. / Ceska, T. / Heads, J.T. / Beavil, A.J. / Henry, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J. / Davies, A.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 191 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#1: 抗体 | 分子量: 23922.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Omalizumab Fab light chain / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 24672.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Omalizumab Fab heavy chain / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 325分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() #4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | ![]() #5: 化合物 | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.58 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.085M Tris pH8.5, 42.5% MPD, 15% glycerol and 0.17M ammonium phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.85→65.38 Å / Num. obs: 58932 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 4.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 2.641 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3588 / CC1/2: 0.413 / Rpim(I) all: 1.101 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 2FJF 解像度: 1.85→65.224 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.53
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.91 Å2 / Biso mean: 29.315 Å2 / Biso min: 11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→65.224 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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