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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tb8
タイトルDye Type Peroxidase Aa from Streptomyces lividans: spectroscopically-validated ferric state
要素Deferrochelatase/peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / peroxidase (ペルオキシダーゼ) / metalloprotein (金属タンパク質) / iron (鉄) / dye type
機能・相同性
機能・相同性情報


iron import into cell / ferrochelatase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Deferrochelatase / : / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Deferrochelatase/peroxidase / Deferrochelatase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans 1326 (スナパリシン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lucic, M. / Moreno-Chicano, T.M. / Hough, M.A. / Dworkowski, F.S.N. / Worrall, J.A.R.
引用ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2020
タイトル: A subtle structural change in the distal haem pocket has a remarkable effect on tuning hydrogen peroxide reactivity in dye decolourising peroxidases from Streptomyces lividans.
著者: Lucic, M. / Chaplin, A.K. / Moreno-Chicano, T. / Dworkowski, F.S.N. / Wilson, M.T. / Svistunenko, D.A. / Hough, M.A. / Worrall, J.A.R.
履歴
登録2019年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deferrochelatase/peroxidase
B: Deferrochelatase/peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7454
ポリマ－80,5122
非ポリマー1,2332
水15,277848
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7060 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area25880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.400, 67.590, 72.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Deferrochelatase/peroxidase


分子量: 40256.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans 1326 (スナパリシン)
遺伝子: SLIV_26340 / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A076MF68, UniProt: Q9RKQ2*PLUS, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 848 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 7
詳細: 1:1 RATIO OF A 6.5 MG/ML DTPAA PROTEIN SOLUTION WITH A PRECIPITANT SOLUTION CONTAINING 20% PEG 6000, 100 MM HEPES PH 7.0, BATCH MODE, TEMPERATURE 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.71 Å / Num. obs: 61725 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/av σ(I): 6.3 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3542 / CC1/2: 0.683 / Rpim(I) all: 0.365 / Rrim(I) all: 0.682 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.2データスケーリング
PHENIX1.16精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I43

6i43


解像度: 1.8→43.679 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1991 2990 4.85 %
Rwork0.1513 --
obs0.1537 61692 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.53 Å2 / Biso mean: 20.281 Å2 / Biso min: 6.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→43.679 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5493 0 86 848 6427
Biso mean--13.07 27.52 -
残基数----724
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8-1.82950.31711180.2494271695
1.8295-1.86110.28991270.2375276699
1.8611-1.89490.26781540.21082775100
1.8949-1.93140.2451380.21262829100
1.9314-1.97080.26311270.1975279899
1.9708-2.01370.27081470.18752772100
2.0137-2.06050.26351440.1755275199
2.0605-2.1120.21751350.17432799100
2.112-2.16910.21431290.1592816100
2.1691-2.2330.2211310.15792810100
2.233-2.3050.20331270.1552825100
2.305-2.38740.22921400.1562798100
2.3874-2.4830.21141410.15482792100
2.483-2.5960.21691330.14862829100
2.596-2.73280.20341550.143278399
2.7328-2.9040.20221560.1452804100
2.904-3.12820.1861420.14122800100
3.1282-3.44290.19991740.13282792100
3.4429-3.94080.15971510.1186282399
3.9408-4.96390.12551510.1106279599
4.9639-43.6790.17381700.1468282998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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