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Yorodumi- PDB-6t73: New antiparallel dimer of aureochrome 1a LOV domain mutants from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6t73 | ||||||
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Title | New antiparallel dimer of aureochrome 1a LOV domain mutants from Phaeodactylum tricornutum | ||||||
Components | Ptaureo1a lov2 domain | ||||||
Keywords | FLAVOPROTEIN / Photoreceptor / Interface | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Phaeodactylum tricornutum (Diatom) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.435 Å | ||||||
Authors | Essen, L.O. / Hepp, S. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2020 Title: An Optogenetic Tool for Induced Protein Stabilization Based on the Phaeodactylum tricornutum Aureochrome 1a Light-Oxygen-Voltage Domain. Authors: Hepp, S. / Trauth, J. / Hasenjager, S. / Bezold, F. / Essen, L.O. / Taxis, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6t73.cif.gz | 175.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6t73.ent.gz | 141.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6t73.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/6t73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/6t73 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6t74C 5a8bS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18023.873 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Phaeodactylum tricornutum (Diatom) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A140UHJ0 #2: Chemical | #3: Chemical | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.62 Å3/Da / Density % sol: 66.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.8 M NaH2PO4, 0.8 M H2KPO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 4, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.435→48.605 Å / Num. obs: 11046 / % possible obs: 98.98 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 107.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.04636 / Rpim(I) all: 0.04636 / Rrim(I) all: 0.06556 / Net I/σ(I): 8.36 |
Reflection shell | Resolution: 3.435→3.56 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.4975 / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / Num. unique obs: 1047 / CC1/2: 0.595 / Rpim(I) all: 0.4975 / Rrim(I) all: 0.7035 / % possible all: 92.89 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5a8b Resolution: 3.435→48.605 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.6
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 157.06 Å2 / Biso mean: 115.4566 Å2 / Biso min: 88.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.435→48.605 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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