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- PDB-6t3v: Psychrophilic aromatic amino acids aminotransferase from Psychrob... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6t3v | ||||||
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Title | Psychrophilic aromatic amino acids aminotransferase from Psychrobacter sp. B6 cocrystalized with substrate analog - malic acid | ||||||
![]() | Aminotransferase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rutkiewicz, M. / Bujacz, A. / Rum, J. / Bujacz, G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Evidence of Active Site Adaptability towards Different Sized Substrates of Aromatic Amino Acid Aminotransferase from Psychrobacter Sp. B6. Authors: Bujacz, A. / Rum, J. / Rutkiewicz, M. / Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Bujacz, G. #1: ![]() Title: Crystal structure and enzymatic properties of a broad substrate-specificity psychrophilic aminotransferase from the Antarctic soil bacterium Psychrobacter sp. B6. Authors: Bujacz, A. / Rutkiewicz-Krotewicz, M. / Nowakowska-Sapota, K. / Turkiewicz, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 197.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 157.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6zupC ![]() 6zurC ![]() 6zvgC ![]() 4rkcS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 44199.203 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: C7E5X4, ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-PLP / ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-LMR / (![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.21 Å3/Da / Density % sol: 61.71 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 2.1 M DL-malic acid pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 26, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.62→50 Å / Num. obs: 72901 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 993205 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4RKC Resolution: 1.62→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.287 / SU ML: 0.036 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.063 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 120.3 Å2 / Biso mean: 37.709 Å2 / Biso min: 20.6 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.62→35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.62→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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