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- PDB-6ssu: Crystal structure of Human Microsomal Glutathione S-Transferase 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ssu
タイトルCrystal structure of Human Microsomal Glutathione S-Transferase 2 in complex with co-substrate Glutathione
要素Microsomal glutathione S-transferase 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ER MEMBRANE PROTEIN (小胞体) / GLUTATHIONE TRANSFERASE (グルタチオン-S-トランスフェラーゼ) / MAPEG / MGST2 / INTEGRAL MEMBRANE ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane lipid catabolic process / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / glutathione biosynthetic process / Aflatoxin activation and detoxification / glutathione binding / 薬物代謝 / leukotriene biosynthetic process / glutathione peroxidase activity / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ ...membrane lipid catabolic process / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / glutathione biosynthetic process / Aflatoxin activation and detoxification / glutathione binding / 薬物代謝 / leukotriene biosynthetic process / glutathione peroxidase activity / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / enzyme activator activity / response to organonitrogen compound / lipid metabolic process / positive regulation of inflammatory response / 核膜 / response to lipopolysaccharide / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
5-lipoxygenase-activating protein / FLAP/GST2/LTC4S, conserved site / FLAP/GST2/LTC4S family signature. / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family
類似検索 - ドメイン・相同性
グルタチオン / 硝酸塩 / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Microsomal glutathione S-transferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.499 Å
データ登録者Thulasingam, M. / Haeggstrom, J.Z.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council10350 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of human MGST2 reveal synchronized conformational changes regulating catalysis.
著者: Thulasingam, M. / Orellana, L. / Nji, E. / Ahmad, S. / Rinaldo-Matthis, A. / Haeggstrom, J.Z.
履歴
登録2019年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microsomal glutathione S-transferase 2
B: Microsomal glutathione S-transferase 2
C: Microsomal glutathione S-transferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7868
ポリマ－52,3963
非ポリマー1,3905
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area18210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.280, 152.370, 71.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ASNASNLYSLYSchain AAA4 - 14210 - 148
2GLYGLYLYSLYSchain BBB3 - 1419 - 147
3ASNASNGLUGLUchain CCC4 - 13310 - 139

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要素

#1: タンパク質 Microsomal glutathione S-transferase 2 / Microsomal GST-2 / Microsomal GST-II


分子量: 17465.410 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGST2, GST2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: Q99735, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M MES pH 5.5 0.4M Lithium citrate 0.1M Sodium nitrate 20% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→46.28 Å / Num. obs: 21514 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 58.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.12
反射 シェル解像度: 2.49→2.58 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 2106 / CC1/2: 0.605 / % possible all: 99.25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1683精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SSR

6ssr


解像度: 2.499→46.28 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 1075 5 %
Rwork0.2214 20424 -
obs0.2238 21499 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.18 Å2 / Biso mean: 59.8245 Å2 / Biso min: 32.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.499→46.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3212 0 82 46 3340
Biso mean--72.71 60.92 -
残基数----408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013384
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2734583
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7031169
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1803X-RAY DIFFRACTION8.101TORSIONAL
12B1803X-RAY DIFFRACTION8.101TORSIONAL
13C1803X-RAY DIFFRACTION8.101TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4992-2.61290.38321310.3235249599
2.6129-2.75070.35051330.28252531100
2.7507-2.9230.27471310.25982489100
2.923-3.14860.34021340.25692553100
3.1486-3.46540.29831330.22452534100
3.4654-3.96660.29921360.21012575100
3.9666-4.99660.22181350.1922563100
4.9966-46.280.24371420.21282684100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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