+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6so4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Fragment RZ132 in complex with MAP kinase p38-alpha | ||||||
![]() | Mitogen-activated protein kinase 14![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() DSCAM interactions / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence ...DSCAM interactions / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nichols, C.E. / De Nicola, G.F. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mining the PDB for Tractable Cases Where X-ray Crystallography Combined with Fragment Screens Can Be Used to Systematically Design Protein-Protein Inhibitors: Two Test Cases Illustrated ...タイトル: Mining the PDB for Tractable Cases Where X-ray Crystallography Combined with Fragment Screens Can Be Used to Systematically Design Protein-Protein Inhibitors: Two Test Cases Illustrated by IL1 beta-IL1R and p38 alpha-TAB1 Complexes. 著者: Nichols, C. / Ng, J. / Keshu, A. / Kelly, G. / Conte, M.R. / Marber, M.S. / Fraternali, F. / De Nicola, G.F. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 67.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5r85C ![]() 5r86C ![]() 5r87C ![]() 5r88C ![]() 5r89C ![]() 5r8aC ![]() 5r8bC ![]() 5r8cC ![]() 5r8dC ![]() 5r8eC ![]() 5r8fC ![]() 5r8gC ![]() 5r8hC ![]() 5r8iC ![]() 5r8jC ![]() 5r8kC ![]() 5r8lC ![]() 5r8mC ![]() 5r8nC ![]() 5r8oC ![]() 5r8pC ![]() 5r8qC ![]() 5r8uC ![]() 5r8vC ![]() 5r8wC ![]() 5r8xC ![]() 5r8yC ![]() 5r8zC ![]() 5r90C ![]() 5r91C ![]() 5r92C ![]() 5r93C ![]() 5r94C ![]() 5r95C ![]() 5r96C ![]() 5r97C ![]() 5r98C ![]() 5r99C ![]() 5r9aC ![]() 5r9bC ![]() 5r9cC ![]() 5r9dC ![]() 5r9eC ![]() 5r9fC ![]() 5r9gC ![]() 5r9hC ![]() 5r9iC ![]() 5r9jC ![]() 5r9kC ![]() 5r9lC ![]() 5r9mC ![]() 5r9nC ![]() 5r9oC ![]() 5r9pC ![]() 5r9qC ![]() 5r9rC ![]() 5r9sC ![]() 5r9tC ![]() 5r9uC ![]() 5r9vC ![]() 5r9wC ![]() 5r9xC ![]() 5r9yC ![]() 5r9zC ![]() 5ra0C ![]() 5ra1C ![]() 5ra2C ![]() 5ra3C ![]() 5ra4C ![]() 5ra5C ![]() 5ra6C ![]() 5ra7C ![]() 5ra8C ![]() 5ra9C ![]() 6so1SC ![]() 6so2C ![]() 6sodC ![]() 6soiC ![]() 6sotC ![]() 6souC ![]() 6sovC ![]() 6sp9C ![]() 6splC ![]() 6y7wC ![]() 6y7xC ![]() 6y7yC ![]() 6y80C ![]() 6y81C ![]() 6ycuC ![]() 6ycwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 43808.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P47811, ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 288分子 ![](data/chem/img/LO8.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-LO8 / ( | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-CL / ![]() #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 化合物 | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.3 % |
---|---|
結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 27.5% PEG3350, 0.1M magnesium chloride, 0.1M magnesium sulphate, 0.1M bis-tris propane, 10% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.51→86.32 Å / Num. obs: 79248 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 19.24 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.55 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5762 / CC1/2: 0.65 / % possible all: 99.2 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 6SO1 解像度: 1.51→51.07 Å / SU ML: 0.2395 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.6955
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.51→51.07 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|