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- PDB-6s7t: Cryo-EM structure of human oligosaccharyltransferase complex OST-B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s7t
タイトルCryo-EM structure of human oligosaccharyltransferase complex OST-B
要素
  • (Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ...) x 5
  • Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit
  • Magnesium transporter protein 1
  • Malectin
  • PEPTIDEペプチド
  • Transmembrane protein 258膜貫通型タンパク質
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / N-glycosylation (N-結合型グリコシル化) / Oligosaccharyltransferase / OSTB
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharyltransferase complex binding / oligosaccharyltransferase I complex / Asparagine N-linked glycosylation / membrane-bounded organelle / magnesium ion transport / neutrophil degranulation / co-translational protein modification / Miscellaneous transport and binding events / oligosaccharyltransferase complex / glycoprotein catabolic process ...oligosaccharyltransferase complex binding / oligosaccharyltransferase I complex / Asparagine N-linked glycosylation / membrane-bounded organelle / magnesium ion transport / neutrophil degranulation / co-translational protein modification / Miscellaneous transport and binding events / oligosaccharyltransferase complex / glycoprotein catabolic process / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / epithelial cell apoptotic process / azurophil granule membrane / : / protein glycosylation / plasma membrane => GO:0005886 / blastocyst development / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / response to unfolded protein / enzyme activator activity / specific granule membrane / 小胞体 / T細胞 / response to endoplasmic reticulum stress / post-translational protein modification / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / response to cytokine / protein modification process / regulation of protein stability / transmembrane transport / 認識 / メラノソーム / フォールディング / transferase activity / carbohydrate binding / Maturation of spike protein / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / nuclear body / viral protein processing / 炎症 / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / 小胞体 / protein-containing complex / RNA binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Magnesium transporter protein 1 / Malectin / Malectin domain / Malectin domain / DAD/Ost2 / Oligosaccharyltransferase complex subunit / DAD family / Oligosaccharyltransferase subunit 5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48kDa subunit / Oligosaccharyltransferase 48 kDa subunit beta ...Magnesium transporter protein 1 / Malectin / Malectin domain / Malectin domain / DAD/Ost2 / Oligosaccharyltransferase complex subunit / DAD family / Oligosaccharyltransferase subunit 5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48kDa subunit / Oligosaccharyltransferase 48 kDa subunit beta / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit Swp1 / Oligosaccharyltransferase subunit Ribophorin II / Oligosaccaryltransferase / Oligosaccharyltransferase subunit ost4p superfamily / Oligosaccaryltransferase / Ribophorin I / Ribophorin I / Oligosaccharyl transferase complex, subunit OST3/OST6 / OST3 / OST6 family, transporter family / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0K3 / Chem-EGY / Chem-KZB / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 4 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit / Transmembrane protein 258 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1 ...Chem-0K3 / Chem-EGY / Chem-KZB / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 4 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit / Transmembrane protein 258 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1 / Malectin / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3B / Magnesium transporter protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ramirez, A.S. / Kowal, J. / Locher, K.P.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationCRSII3_147632 スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Cryo-electron microscopy structures of human oligosaccharyltransferase complexes OST-A and OST-B.
著者: Ana S Ramírez / Julia Kowal / Kaspar P Locher /
要旨: Oligosaccharyltransferase (OST) catalyzes the transfer of a high-mannose glycan onto secretory proteins in the endoplasmic reticulum. Mammals express two distinct OST complexes that act in a ...Oligosaccharyltransferase (OST) catalyzes the transfer of a high-mannose glycan onto secretory proteins in the endoplasmic reticulum. Mammals express two distinct OST complexes that act in a cotranslational (OST-A) or posttranslocational (OST-B) manner. Here, we present high-resolution cryo-electron microscopy structures of human OST-A and OST-B. Although they have similar overall architectures, structural differences in the catalytic subunits STT3A and STT3B facilitate contacts to distinct OST subunits, DC2 in OST-A and MAGT1 in OST-B. In OST-A, interactions with TMEM258 and STT3A allow ribophorin-I to form a four-helix bundle that can bind to a translating ribosome, whereas the equivalent region is disordered in OST-B. We observed an acceptor peptide and dolichylphosphate bound to STT3B, but only dolichylphosphate in STT3A, suggesting distinct affinities of the two OST complexes for protein substrates.
履歴
登録2019年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / em_entity_assembly / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _em_entity_assembly.entity_id_list / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10112
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3B
B: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 4
C: Transmembrane protein 258
D: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1
E: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1
F: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2
G: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit
H: Magnesium transporter protein 1
I: Malectin
K: PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)397,90740
ポリマ－379,26410
非ポリマー18,64430
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area48400 Å2
ΔGint-271 kcal/mol
Surface area96820 Å2
手法PISA

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要素

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Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ... , 5種, 5分子 ABDEF

#1: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3B / STT3-B / Source of immunodominant MHC-associated peptides homolog


分子量: 93781.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8TCJ2, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#2: タンパク質・ペプチド Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 4


分子量: 4196.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0C6T2
#4: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1 / Oligosaccharyl transferase subunit DAD1 / Defender against cell death 1 / DAD-1


分子量: 12503.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61803
#5: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 67 kDa subunit / Ribophorin I / RPN- ...Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 67 kDa subunit / Ribophorin I / RPN-I / Ribophorin-1


分子量: 68656.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04843
#6: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 63 kDa subunit / RIBIIR / Ribophorin ...Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 63 kDa subunit / RIBIIR / Ribophorin II / RPN-II / Ribophorin-2


分子量: 69347.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04844

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タンパク質 , 4種, 4分子 CGHI

#3: タンパク質 Transmembrane protein 258 / 膜貫通型タンパク質 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit TMEM258 / Oligosaccharyl ...Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit TMEM258 / Oligosaccharyl transferase subunit TMEM258


分子量: 9083.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61165
#7: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit / Oligosaccharyl transferase 48 kDa subunit


分子量: 50754.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A024RAD5, UniProt: P39656*PLUS
#8: タンパク質 Magnesium transporter protein 1 / / MagT1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit MAGT1 / ...MagT1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit MAGT1 / Oligosaccharyl transferase subunit MAGT1 / Implantation-associated protein / IAP


分子量: 38081.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAGT1, IAG2, PSEC0084, UNQ628/PRO1244 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H0U3
#9: タンパク質 Malectin


分子量: 32270.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14165

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 K

#10: タンパク質・ペプチド PEPTIDE / ペプチド


分子量: 588.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 3種, 4分子

#11: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#12: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g6-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#13: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 26分子

#14: 化合物
ChemComp-EGY / (4R,7R)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(undecanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphadocosan-1-aminium


分子量: 636.861 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C33H67NO8P / コメント: リン脂質*YM
#15: 化合物
ChemComp-KZB / (2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{R},5'~{S},6~{S},7~{R},8~{S},9~{R},12~{R},13~{R},15~{S},16~{S},18~{R})-5',7,9,13-tetramethyl-3,15-bis(oxidanyl)spiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosane-6,2'-oxane]-16-yl]oxy-oxane-3,4,5-triol


分子量: 610.776 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C33H54O10
#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#17: 化合物 ChemComp-0K3 / (2Z,6Z,10Z,14Z,18Z,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-octaen-1-yl dihydrogen phosphate


分子量: 642.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C40H67O4P

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human oligosaccharyltransferase complex OST-BCOMPLEX#1-#100MULTIPLE SOURCES
2Human oligosaccharyltransferase complexOligosaccharyltransferaseCOMPLEX#1-#7, #9-#101NATURAL
3Magnesium transporter protein 1COMPLEX#81RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 14705
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1106821
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 249725 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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