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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cbv | ||||||
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タイトル | X-ray structure of full-length ComE from Streptococcus pneumoniae. | ||||||
要素 | COME | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / NATURAL GENETIC TRANSFORMATION / TRANSCRIPTION FACTOR (転写因子) / REC DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.39 Å | ||||||
データ登録者 | Boudes, M. / Durand, D. / Graille, M. / van Tilbeurgh, H. / Quevillon-Cheruel, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014 タイトル: Structural Insights Into the Dimerization of the Response Regulator Come from Streptococcus Pneumoniae. 著者: Boudes, M. / Sanchez, D. / Graille, M. / Van Tilbeurgh, H. / Durand, D. / Quevillon-Cheruel, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cbv.cif.gz | 629.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cbv.ent.gz | 549 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cbv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/4cbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/4cbv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30977.785 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q79CK7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 1.8M DL-MALIC ACID, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97918 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月23日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→45 Å / Num. obs: 71134 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 3.77 % / Biso Wilson estimate: 93.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.39→3.59 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.84 / % possible all: 87.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 3.39→37.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9049 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8773 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.43 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
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原子変位パラメータ | Biso mean: 114.46 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.39→37.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.39→3.48 Å / Total num. of bins used: 19
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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