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万見
- PDB-6s2u: Structure of the catalytic domain of T. thermophilus Rel in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s2u
タイトルStructure of the catalytic domain of T. thermophilus Rel in complex with AMP and ppGpp
要素(P)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA
キーワードTRANSFERASE / ppGpp synthetase / ppGpp hydrolase / ppGpp / translation / stringent response
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate metabolic process / GTP diphosphokinase activity / GTP diphosphokinase / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / HD domain / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain ...RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / HD domain / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / HD domain profile. / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / HD domain / Beta-grasp domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Chem-GN3 / : / trimethylamine oxide / (P)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA / Guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase (PpGpp synthase)
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Garcia-Pino, A.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: A nucleotide-switch mechanism mediates opposing catalytic activities of Rel enzymes.
著者: Tamman, H. / Van Nerom, K. / Takada, H. / Vandenberk, N. / Scholl, D. / Polikanov, Y. / Hofkens, J. / Talavera, A. / Hauryliuk, V. / Hendrix, J. / Garcia-Pino, A.
履歴
登録2019年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / software
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _software.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (P)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8347
ポリマ－40,7061
非ポリマー1,1286
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.739, 50.346, 86.057
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-517-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 (P)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA


分子量: 40705.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: Ththe16_1734 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F6DES6, UniProt: Q5SHL3*PLUS, GTP diphosphokinase

-
非ポリマー , 6種, 27分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-GN3 / [[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-oxidanyl-2-[[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxymethyl]oxolan-3-yl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]amino]phosphonic acid


分子量: 602.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N6O16P4
#5: 化合物 ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド


分子量: 75.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.002 M Zinc chloride 0.1 M Tris 8.0 20 % w/v PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→56.36 Å / Num. obs: 6572 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 102.64 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.95→3.02 Å / Rmerge(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2399 / CC1/2: 0.868 / Rpim(I) all: 0.36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1vj7

1vj7


解像度: 2.95→56.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.528
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 330 5.02 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.216 6572 63.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 101.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5954 Å20 Å213.1263 Å2
2--0.4492 Å20 Å2
3---3.1462 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→56.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2594 0 67 20 2681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012715HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.173709HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d921SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes485HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2715HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.56
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.46
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion360SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3056SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.12 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3433 -7.06 %
Rwork0.2312 382 -
all0.2396 411 -
obs--26.06 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 97.0037 Å / Origin y: -62.0508 Å / Origin z: 97.8665 Å
111213212223313233
T-0.3797 Å20.0416 Å20.1468 Å2--0.3284 Å2-0.015 Å2---0.1954 Å2
L6.0815 °2-1.6979 °2-5.5923 °2-1.4825 °21.7601 °2--6.2821 °2
S-0.0439 Å °-0.0675 Å °0.0307 Å °0.2437 Å °-0.0212 Å °-0.1543 Å °-0.0021 Å °-0.1377 Å °0.065 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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