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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s1r | ||||||||||||
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タイトル | Structure of fission yeast Mis16 bound to histone H4 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / centromere mitosis WD40 histone chaperone | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Condensation of Prophase Chromosomes / PKMTs methylate histone lysines / HDMs demethylate histones / RMTs methylate histone arginines / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / : / Oxidative Stress Induced Senescence / HATs acetylate histones / CENP-A recruiting complex ...Condensation of Prophase Chromosomes / PKMTs methylate histone lysines / HDMs demethylate histones / RMTs methylate histone arginines / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / : / Oxidative Stress Induced Senescence / HATs acetylate histones / CENP-A recruiting complex / Transcriptional regulation by small RNAs / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Neddylation / HDACs deacetylate histones / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase I Promoter Escape / H3-H4 histone complex chaperone activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / CENP-A containing chromatin assembly / chromosome, centromeric region / 動原体 / ヌクレオソーム / nucleosome assembly / histone binding / クロマチンリモデリング / protein heterodimerization activity / DNA binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lefevre, S. / Korntner-Vetter, M. / Singleton, M.R. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2019 タイトル: Subunit interactions and arrangements in the fission yeast Mis16-Mis18-Mis19 complex. 著者: Korntner-Vetter, M. / Lefevre, S. / Hu, X.W. / George, R. / Singleton, M.R. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6s1r.cif.gz | 100.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6s1r.ent.gz | 74.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6s1r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/6s1r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/6s1r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48407.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: mis16, hat2, SPCC1672.10 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O94244 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3476.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P09322 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.05 M LiSO4, 0.8 M NaH2PO4, 1.2 M K2HPO4, 0.1 M CAPS pH 9.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8726 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→46.22 Å / Num. obs: 39885 / % possible obs: 96.58 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 9.36 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.864 Å / Num. unique obs: 3857 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6S1L 解像度: 1.8→46.22 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.5
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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