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- PDB-6ro9: Human spectrin SH3 domain D48G, E7V, K60V -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ro9
タイトルHuman spectrin SH3 domain D48G, E7V, K60V
要素Spectrin alpha, non-erythrocytic 1
キーワードPROTEIN BINDING / Binding Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


clustering of voltage-gated sodium channels / paranode region of axon / actin filament capping / node of Ranvier / actin binding / cell cortex / calmodulin binding / cytoskeleton / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 Domains / SH3 domain / EF-hand domain pair ...Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 Domains / SH3 domain / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / SH3 type barrels. / EF-Hand 1, calcium-binding site / Src homology 3 domains / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / SH3-like domain superfamily / EF-hand domain / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand domain pair / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spectrin alpha, non-erythrocytic 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mola mola (マンボウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.814 Å
データ登録者Reverter, D. / Navarro, S. / Ventura, S.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human spectrin SH3 domain D48G, E7V, K60V
著者: Reverter, D. / Navarro, S. / Ventura, S.
履歴
登録2019年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spectrin alpha, non-erythrocytic 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9961
ポリマ－6,9961
非ポリマー00
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.906, 41.819, 48.798
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Spectrin alpha, non-erythrocytic 1


分子量: 6996.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mola mola (マンボウ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Q3W9R3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化温度: 316 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2M ammonium sulfate and 0.1M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.814→41.819 Å / Num. obs: 6486 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.814→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 1.081 / Num. unique obs: 66 / CC1/2: 0.755 / Rpim(I) all: 0.477

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FW9

5fw9


解像度: 1.814→31.754 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2557 327 5.07 %
Rwork0.203 --
obs0.2057 6449 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.814→31.754 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数456 0 0 32 488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018465
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.753630
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.267174
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0972
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0177
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8138-2.28520.28251550.24042995X-RAY DIFFRACTION100
2.2852-31.75870.24691720.18983127X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.2336 Å / Origin y: 5.0522 Å / Origin z: 16.5741 Å
111213212223313233
T0.1466 Å2-0.0211 Å20.0076 Å2-0.0817 Å2-0.0222 Å2--0.1217 Å2
L4.7853 °2-1.8423 °2-0.2118 °2-6.0089 °2-0.224 °2--6.136 °2
S-0.1241 Å °-0.1172 Å °-0.0402 Å °0.1101 Å °0.0984 Å °0.0458 Å °0.1056 Å °-0.2359 Å °0.0198 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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