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- PDB-6rmu: Crystal structure of disulphide-linked human C3d dimer in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rmu
タイトルCrystal structure of disulphide-linked human C3d dimer in complex with Staphylococcus aureus complement subversion protein Sbi-IV
要素
  • Complement C3Complement component 3
  • Immunoglobulin-binding protein Sbi
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Complement / innate immunity (自然免疫系) / domain swap / Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway ...oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of phagocytosis, engulfment / complement receptor mediated signaling pathway / Activation of C3 and C5 / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of glucose transmembrane transport / 補体依存性細胞傷害 / complement activation, alternative pathway / 補体 / IgG binding / neuron remodeling / endopeptidase inhibitor activity / amyloid-beta clearance / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / complement activation, classical pathway / Peptide ligand-binding receptors / fatty acid metabolic process / Regulation of Complement cascade / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of angiogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / 免疫応答 / 炎症 / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / 小胞体 / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / シグナル伝達 / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-binding protein Sbi, domain IV / C3 binding domain 4 of IgG-bind protein SBI / Sbi, C3 binding domain IV / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Complement C3-like, NTR domain / Protein A, Ig-binding domain / B domain ...Immunoglobulin-binding protein Sbi, domain IV / C3 binding domain 4 of IgG-bind protein SBI / Sbi, C3 binding domain IV / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Complement C3-like, NTR domain / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Α2-マクログロブリン / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Α2-マクログロブリン / Alpha-2-macroglobulin family / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Complement C3 / Immunoglobulin-binding protein Sbi
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wahid, A.A. / van den Elsen, J.M.H. / Crennell, S.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N022165/1 英国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2022
タイトル: Staphylococcal Complement Evasion Protein Sbi Stabilises C3d Dimers by Inducing an N-Terminal Helix Swap
著者: Dunphy, R.W. / Wahid, A.A. / Back, C.R. / Martin, R.L. / Watts, A.G. / Dodson, C.A. / Crennell, S.J. / van den Elsen, J.M.H.
履歴
登録2019年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C3
C: Immunoglobulin-binding protein Sbi
B: Complement C3
D: Immunoglobulin-binding protein Sbi
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2656
ポリマ－88,0974
非ポリマー1682
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8090 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area30520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.518, 115.169, 118.925
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Complement C3 / Complement component 3 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 1


分子量: 34778.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C3, CPAMD1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01024
#2: タンパク質 Immunoglobulin-binding protein Sbi


分子量: 9269.509 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: sbi, SAV2418 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q931F4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.07
詳細: 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 20% PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→118.93 Å / Num. obs: 40413 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 4153 / CC1/2: 0.791 / Rpim(I) all: 0.266 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WY7

2wy7


解像度: 2.4→82.733 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 20.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2107 2117 5.27 %
Rwork0.156 --
obs0.1589 40185 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→82.733 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5758 0 11 259 6028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125977
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1028086
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.283671
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052892
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071056
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.45590.29461430.20172496X-RAY DIFFRACTION100
2.4559-2.51730.30251410.19772505X-RAY DIFFRACTION100
2.5173-2.58540.26211260.18992504X-RAY DIFFRACTION100
2.5854-2.66150.26331300.19332505X-RAY DIFFRACTION100
2.6615-2.74740.23821420.19052510X-RAY DIFFRACTION100
2.7474-2.84560.25971510.19252494X-RAY DIFFRACTION100
2.8456-2.95950.25661330.19572528X-RAY DIFFRACTION100
2.9595-3.09420.24421540.17792473X-RAY DIFFRACTION100
3.0942-3.25730.24781430.17352546X-RAY DIFFRACTION100
3.2573-3.46140.24181490.16432509X-RAY DIFFRACTION100
3.4614-3.72870.15441160.14892573X-RAY DIFFRACTION100
3.7287-4.10390.19761390.12722570X-RAY DIFFRACTION100
4.1039-4.69770.1491560.10482532X-RAY DIFFRACTION100
4.6977-5.91840.16851600.13032586X-RAY DIFFRACTION100
5.9184-82.78190.18381340.14812737X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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