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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rm8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the DEAH-box ATPase Prp2 in complex with Spp2 and ADP | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Prp2 / DEAH-box ATPase / G-patch / spliceosome (スプライセオソーム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nucleic acid binding / hydrolase activity / ヘリカーゼ / ribonucleoprotein complex / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Hamann, F. / Neumann, P. / Ficner, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Structural analysis of the intrinsically disordered splicing factor Spp2 and its binding to the DEAH-box ATPase Prp2. 著者: Hamann, F. / Schmitt, A. / Favretto, F. / Hofele, R. / Neumann, P. / Xiang, S. / Urlaub, H. / Zweckstetter, M. / Ficner, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rm8.cif.gz | 300.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6rm8.ent.gz | 238.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rm8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/6rm8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/6rm8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 73420.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 遺伝子: CTHT_0063660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SEG4 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5234.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 遺伝子: CTHT_0071470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SFN3 |
-非ポリマー , 7種, 206分子
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||||||
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-BTB / | #8: 化合物 | ChemComp-PEG / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 mM MES pH 6.5, 350 mM calcium acetate, 19% (w/v) PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→42.526 Å / Num. obs: 55604 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.368 % / Biso Wilson estimate: 46.621 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.041 / Net I/σ(I): 15.97 / Num. measured all: 520880 / Scaling rejects: 27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6fa5 解像度: 1.95→42.526 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.27
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 190.48 Å2 / Biso mean: 54.3042 Å2 / Biso min: 24.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→42.526 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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