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万見
- PDB-6rhf: Structure of Chloroflexus aggregans Cagg_3753 LOV domain C85A var... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rhf
タイトルStructure of Chloroflexus aggregans Cagg_3753 LOV domain C85A variant (CagFbFP)
要素Multi-sensor hybrid histidine kinase
キーワードFLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / LOV / FMN / photoreceptor / flavoprotein (フラボタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular hyperosmotic response / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / nucleotide binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
PAS fold-4 / PAS fold / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / PAS fold-3 / HPT domain superfamily / PAS fold / PAS-associated, C-terminal / PAS domain ...PAS fold-4 / PAS fold / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / PAS fold-3 / HPT domain superfamily / PAS fold / PAS-associated, C-terminal / PAS domain / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAS domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Β-ラクタマーゼ / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンモノヌクレオチド / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aggregans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.07 Å
データ登録者Nazarenko, V.V. / Remeeva, A. / Yudenko, A. / Kovalev, K. / Gordeliy, V. / Gushchin, I.
資金援助1件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research18-34-00742
引用ジャーナル: Photochem. Photobiol. Sci. / 年: 2019
タイトル: A thermostable flavin-based fluorescent protein from Chloroflexus aggregans: a framework for ultra-high resolution structural studies.
著者: Nazarenko, V.V. / Remeeva, A. / Yudenko, A. / Kovalev, K. / Dubenko, A. / Goncharov, I.M. / Kuzmichev, P. / Rogachev, A.V. / Buslaev, P. / Borshchevskiy, V. / Mishin, A. / Dhoke, G.V. / ...著者: Nazarenko, V.V. / Remeeva, A. / Yudenko, A. / Kovalev, K. / Dubenko, A. / Goncharov, I.M. / Kuzmichev, P. / Rogachev, A.V. / Buslaev, P. / Borshchevskiy, V. / Mishin, A. / Dhoke, G.V. / Schwaneberg, U. / Davari, M.D. / Jaeger, K.E. / Krauss, U. / Gordeliy, V. / Gushchin, I.
履歴
登録2019年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multi-sensor hybrid histidine kinase
B: Multi-sensor hybrid histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9917
ポリマ－24,8022
非ポリマー1,1895
水5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.934, 110.044, 38.945
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-428-

HOH

21B-439-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Multi-sensor hybrid histidine kinase


分子量: 12400.882 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chloroflexus aggregans (strain MD-66 / DSM 9485) (バクテリア)
株: MD-66 / DSM 9485 / 遺伝子: Cagg_3753 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8GAY9
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM Ammonium citrate dibasic, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.07→48.43 Å / Num. obs: 102522 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 539872
反射 シェル解像度: 1.07→1.09 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 4922 / CC1/2: 0.293 / Rpim(I) all: 1.002 / Rrim(I) all: 2.302 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.07→48.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 0.962 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1484 5195 5.1 %RANDOM
Rwork0.1247 ---
obs0.1259 97254 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 176.08 Å2 / Biso mean: 18.487 Å2 / Biso min: 9.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.19 Å2-0 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.07→48.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1607 0 86 307 2000
Biso mean--15 38.17 -
残基数----211
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.021942
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0441.9872695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01134241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7885272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.36223.8100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.33315302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2211523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02476
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.48733788
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free34.542569
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.7253966
LS精密化 シェル解像度: 1.07→1.098 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 398 -
Rwork0.295 6972 -
all-7370 -
obs--98.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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