PDB-6r3p: Crystal structure of human DMC1 ATPase domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r3p

タイトル

Crystal structure of human DMC1 ATPase domain

要素

Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

遺伝的組換え

キーワード

RECOMBINATION (遺伝的組換え) /

Recombinase /

Homologous recombination (相同組換え) /

Strand invasion (相同組換え) /

Meiosis (減数分裂)

機能・相同性

機能・相同性情報

female gamete generation / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / homologous chromosome pairing at meiosis / double-strand break repair involved in meiotic recombination / lateral element / DNA recombinase assembly /

mitotic recombination / DNA strand invasion / DNA strand exchange activity / reciprocal meiotic recombination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Dunce, J.M. / Davies, O.R.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human DMC1 ATPase domain
著者: Dunce, J.M. / Davies, O.R.

履歴

登録	2019年3月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r3p.cif.gz	571.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r3p.ent.gz	486.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r3p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/6r3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/6r3p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hyyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4hyy-1 4hyy-2 1v5w-1 2zjb-1 6khx-d 6l8d-d 6umx-d 5ept-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (9) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (2) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (2) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

B: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

C: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

D: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

ヘテロ分子

117 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

B: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

ヘテロ分子

A: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

B: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

ヘテロ分子

A: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

B: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

ヘテロ分子

A: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

B: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS was used to confirm the octameric oligomeric state, SAXS, SEC-SAXS demonstrated that the solved crystal structure matches the structure in solution
231 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

D: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

ヘテロ分子

C: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

D: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

ヘテロ分子

C: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

D: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

ヘテロ分子

C: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

D: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS was used to confirm the octameric oligomeric state, SAXS, SEC-SAXS demonstrated that the solved crystal structure matches the structure in solution
236 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	174.490, 174.490, 179.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog / 遺伝的組換え分子量: 28868.811 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DMC1, DMC1H, LIM15 / プラスミド: pHAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14565

-
非ポリマー , 6種, 301分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 50 mM HEPES-NaOH pH 7.2, 50 mM MgCl2, 500 mM NaCl, 7.5 % PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→47.49 Å / Num. obs: 86315 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15 % / B_iso Wilson estimate: 58.74 Å² / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 15.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4545 / CC_1/2: 0.628 / R_pim(I) all: 0.72 / R_rim(I) all: 2.038 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HYY

4hyy

解像度: 2.05→47.011 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.33 / 位相誤差: 23.57

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2191	8011	4.82 %	Random selection
R_work	0.1942	-	-	-
obs	0.1954	86291	99.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→47.011 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7704	0	89	293	8086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	7958
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.478	10673
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.118	2981
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1169
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1385

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.0733	0.3449	208	0.3133	5362	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0733-2.0977	0.3208	264	0.2997	5258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0977-2.1233	0.2996	252	0.2944	5295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1233-2.1502	0.2953	275	0.2998	5290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1502-2.1785	0.3209	243	0.2702	5347	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1785-2.2083	0.2664	239	0.2598	5193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2083-2.2398	0.2927	282	0.2494	5286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2398-2.2733	0.2919	255	0.2534	5268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2733-2.3088	0.2779	273	0.2474	5279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3088-2.3467	0.2619	302	0.2434	5229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3467-2.3871	0.2565	293	0.2343	5264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3871-2.4305	0.2452	319	0.2193	5202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4305-2.4773	0.2374	254	0.22	5273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4773-2.5278	0.2482	256	0.2235	5274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5278-2.5828	0.2394	268	0.2248	5272	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5828-2.6429	0.2395	324	0.2109	5235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6429-2.709	0.2336	289	0.2058	5208	X-RAY DIFFRACTION	100
2.709-2.7822	0.2322	264	0.2218	5316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7822-2.864	0.248	246	0.2176	5291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.864-2.9565	0.2353	249	0.2286	5268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9565-3.0621	0.2386	303	0.2192	5268	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0621-3.1847	0.2296	238	0.2026	5262	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1847-3.3296	0.2357	254	0.1966	5312	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3296-3.5051	0.2026	264	0.1762	5244	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5051-3.7246	0.1833	278	0.1683	5298	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7246-4.0121	0.1764	254	0.1571	5300	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0121-4.4155	0.1692	289	0.1382	5215	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4155-5.0538	0.1663	198	0.1447	5358	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0538-6.3648	0.2345	308	0.1772	5241	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3648-47.0229	0.2092	270	0.2028	5250	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9201	-0.5801	0.5387	5.3372	0.0897	1.1006	0.0269	-0.0762	-0.2146	0.0431	-0.0244	0.2057	0.0916	-0.0813	0.0224	0.394	-0.0371	-0.0396	0.3844	-0.0441	0.3243	34.6045	23.8802	71.4306
2	5.2242	0.3856	1.8939	6.9637	1.0824	8.813	-0.1114	0.8754	-0.2525	-1.2944	0.2853	0.3462	-0.0931	-0.7247	-0.2139	0.8603	0.0174	-0.048	0.588	-0.0075	0.3497	36.0134	24.9413	51.4052
3	6.8828	-0.4978	0.1239	2.7481	0.537	1.062	-0.1153	0.1378	0.034	0.0705	0.1088	-0.0292	0.0159	0.0129	0.025	0.3607	-0.0126	-0.0147	0.4045	-0.0522	0.2983	7.7492	41.3449	71.3158
4	5.2634	0.9253	4.2558	8.0998	3.6392	7.6158	0.3417	1.1265	-0.0853	-0.8092	0.0344	-0.2095	0.335	-0.5034	-0.3719	0.6604	-0.0546	-0.0263	1.1242	0.0688	0.4392	7.7506	43.2239	51.5042
5	4.6907	-0.3377	0.2466	2.1991	-0.5874	1.3037	0.0304	0.3547	0.1152	-0.1201	-0.0241	0.0632	0.0709	-0.0262	-0.0013	0.3278	-0.0216	0.0084	0.3036	0.0055	0.2544	83.1749	45.6301	70.866
6	2.0041	-0.8985	-3.3696	8.6364	-2.7752	8.0502	0.4657	0.6896	0.2854	-1.1168	-0.1548	0.1097	-0.2789	0.7429	-0.2933	0.6788	0.0265	-0.0246	1.1333	-0.0699	0.39	83.1371	44.2606	51.2499
7	3.0457	-0.8847	-0.087	3.7249	-0.3364	1.269	0.0851	0.1376	0.206	-0.1088	-0.0843	-0.1857	-0.0431	0.0022	0.008	0.2883	-0.0455	0.015	0.3214	0.0088	0.2583	54.8105	60.7147	71.0282
8	5.8288	0.4216	-1.3929	6.6247	1.0213	8.5368	0.0727	1.234	-0.0016	-1.0035	0.1719	-0.3529	0.2237	0.7329	-0.2184	0.7497	0.0532	0.0008	0.7151	-0.0148	0.3018	53.3635	59.4463	51.0212

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 82:300)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 301:340)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 83:300)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 301:340)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 81:301)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 302:338)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 82:300)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 301:340)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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