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- PDB-6qph: Dunaliella minimal PSI complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qph
タイトルDunaliella minimal PSI complex
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...Light-harvesting complexes of green plants) x 2
  • (Photosystem I ...光化学系I) x 4
  • Lhc2
  • Lhc4
  • PsaD
  • PsaE
  • PsaF
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Photosystem I (光化学系I) / Dunaliella / Electron Transport (電子伝達系)
機能・相同性
機能・相同性情報


葉緑体 / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 ...葉緑体 / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Single helix bin / SH3 type barrels. - #50 / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein ...Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Single helix bin / SH3 type barrels. - #50 / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Β-カロテン / CACODYLATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / グルタチオン / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT ...Β-カロテン / CACODYLATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / グルタチオン / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター / Chem-SQD / Chem-XAT / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
類似検索 - 構成要素
生物種Dunaliella salina (しおひげむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Klaiman, D. / Caspy, I. / Nelson, N.
資金援助 イスラエル, 2件
組織認可番号国
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
Israel Science Foundation2716/17 イスラエル
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2020
タイトル: Structure of a minimal photosystem I from the green alga Dunaliella salina.
著者: Annemarie Perez-Boerema / Daniel Klaiman / Ido Caspy / Sigal Y Netzer-El / Alexey Amunts / Nathan Nelson /
要旨: Solar energy harnessed by oxygenic photosynthesis supports most of the life forms on Earth. In eukaryotes, photosynthesis occurs in chloroplasts and is achieved by membrane-embedded macromolecular ...Solar energy harnessed by oxygenic photosynthesis supports most of the life forms on Earth. In eukaryotes, photosynthesis occurs in chloroplasts and is achieved by membrane-embedded macromolecular complexes that contain core and peripheral antennae with multiple pigments. The structure of photosystem I (PSI) comprises the core and light-harvesting (LHCI) complexes, which together form PSI-LHCI. Here we determined the structure of PSI-LHCI from the salt-tolerant green alga Dunaliella salina using X-ray crystallography and electron cryo-microscopy. Our results reveal a previously undescribed configuration of the PSI core. It is composed of only 7 subunits, compared with 14-16 subunits in plants and the alga Chlamydomonas reinhardtii, and forms the smallest known PSI. The LHCI is poorly conserved at the sequence level and binds to pigments that form new energy pathways, and the interactions between the individual Lhca1-4 proteins are weakened. Overall, the data indicate the PSI of D. salina represents a different type of the molecular organization that provides important information for reconstructing the plasticity and evolution of PSI.
履歴
登録2019年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
2: Lhc2
3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
4: Lhc4
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: PsaD
E: PsaE
F: PsaF
J: Photosystem I reaction center subunit IX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)468,690214
ポリマ－308,45511
非ポリマー160,235203
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240160 Å2
ΔGint-2220 kcal/mol
Surface area115050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.881, 100.506, 191.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Chlorophyll a-b binding protein, ... , 2種, 2分子 13

#1: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 21149.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: C1K003
#3: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 22732.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: C1K004

-
タンパク質 , 5種, 5分子 24DEF

#2: タンパク質 Lhc2


分子量: 23120.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#4: タンパク質 Lhc4


分子量: 23131.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#8: タンパク質 PsaD


分子量: 15989.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#9: タンパク質 PsaE


分子量: 7297.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#10: タンパク質 PsaF


分子量: 18212.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)

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Photosystem I ... , 4種, 4分子 ABCJ

#5: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / 光化学系I / PSI-A / PsaA


分子量: 81748.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXV2, 光化学系I
#6: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / 光化学系I / PSI-B / PsaB


分子量: 81742.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXZ0, 光化学系I
#7: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 光化学系I / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8717.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXW7, 光化学系I
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / 光化学系I / PSI-J


分子量: 4614.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXW0

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糖 , 2種, 5分子

#21: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#22: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 14種, 198分子

#12: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN / ルテイン


分子量: 568.871 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#13: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#14: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#15: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#16: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b


分子量: 907.472 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#17: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#18: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#19: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#20: 化合物
ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン / カコジル酸


分子量: 136.989 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#23: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#24: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#25: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#26: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#27: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Sodium cacodylate 50mM, MgCl2 100mM, PEG1500 8-11%

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→48.947 Å / Num. obs: 83250 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 109.15 Å2 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.4→3.5 Å / Num. unique obs: 4575 / Rpim(I) all: 0.636

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L8R

5l8r


解像度: 3.4→48.947 Å / SU ML: 0.69 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 45.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3563 1593 1.92 %
Rwork0.3373 --
obs0.3377 82910 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→48.947 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21829 0 9009 0 30838
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00832704
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.87646651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.38517710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0723942
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076087
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4001-3.50980.47461400.41387330X-RAY DIFFRACTION99
3.5098-3.63520.42281330.3957315X-RAY DIFFRACTION100
3.6352-3.78070.3481510.37687375X-RAY DIFFRACTION100
3.7807-3.95270.39871550.36667301X-RAY DIFFRACTION100
3.9527-4.1610.39281200.36027406X-RAY DIFFRACTION100
4.161-4.42150.37691440.35237380X-RAY DIFFRACTION100
4.4215-4.76260.37971590.33827356X-RAY DIFFRACTION100
4.7626-5.24140.3421520.33677366X-RAY DIFFRACTION99
5.2414-5.99870.35621200.35477439X-RAY DIFFRACTION100
5.9987-7.55320.32511540.34097472X-RAY DIFFRACTION100
7.5532-48.95170.32511650.297577X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.3531 Å / Origin y: 1.1142 Å / Origin z: 44.127 Å
111213212223313233
T1.2549 Å2-0.0733 Å20.0825 Å2-0.8128 Å2-0.0849 Å2--1.3298 Å2
L0.4712 °20.08 °2-0.037 °2-1.1001 °2-0.14 °2--0.6526 °2
S0.0084 Å °-0.1035 Å °-0.1015 Å °0.3828 Å °-0.0278 Å °-0.4395 Å °-0.1525 Å °0.2044 Å °-0.0003 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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