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Yorodumi- PDB-6qlv: Crystal structure of W200H UbiX in complex with a geranyl-FMN N5 ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qlv | |||||||||
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Title | Crystal structure of W200H UbiX in complex with a geranyl-FMN N5 adduct | |||||||||
Components | Flavin prenyltransferase UbiX | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / UbiX Prenyltransferase Flavin binding | |||||||||
Function / homology | Function and homology information flavin prenyltransferase / flavin prenyltransferase activity / lyase activity Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.391 Å | |||||||||
Authors | Marshall, S.A. / Leys, D. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2019 Title: The UbiX flavin prenyltransferase reaction mechanism resembles class I terpene cyclase chemistry. Authors: Marshall, S.A. / Payne, K.A.P. / Fisher, K. / White, M.D. / Ni Cheallaigh, A. / Balaikaite, A. / Rigby, S.E.J. / Leys, D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6qlv.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6qlv.ent.gz | 752.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6qlv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/6qlv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/6qlv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6qlgC 6qlhC 6qliC 6qljC 6qlkC 6qllC 4zafS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: Protein | Mass: 24748.256 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) Gene: ubiX, C0044_29760, C8257_05245, CAZ10_26235, CGU42_07325, DT376_15100, DZ940_19110, DZ962_23875, NCTC13719_00955, PAERUG_E15_London_28_01_14_05236, PAMH19_1010, RW109_RW109_01660 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A072ZCW8, flavin prenyltransferase |
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-Non-polymers , 7 types, 917 molecules
#2: Chemical | ChemComp-HZZ / [( #3: Chemical | ChemComp-FMN / #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: PGA screen (Molecular Dimensions) C3 0.1 M ammonium sulphate, 0.3 M sodium formate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 3 % (w/v) gamma polyglutamic acid (Na+ form, LM), 20% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.987 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 3, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.391→115.4 Å / Num. obs: 108714 / % possible obs: 99.98 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 26.01 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.08033 / Net I/σ(I): 7.02 |
Reflection shell | Resolution: 2.391→2.476 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4ZAF Resolution: 2.391→115.4 Å / SU ML: 0.2569 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.8533
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.391→115.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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