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- PDB-6qix: The crystal structure of Trichuris muris p43 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qix
タイトルThe crystal structure of Trichuris muris p43
要素P43
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Parasite Helminth
機能・相同性酢酸塩 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Trichuris muris (ネズミ鞭虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Levy, C.W.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome TrustWT100290MA 英国
Wellcome TrustZ10661/Z/18/Z 英国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The major secreted protein of the whipworm parasite tethers to matrix and inhibits interleukin-13 function.
著者: Bancroft, A.J. / Levy, C.W. / Jowitt, T.A. / Hayes, K.S. / Thompson, S. / Mckenzie, E.A. / Ball, M.D. / Dubaissi, E. / France, A.P. / Bellina, B. / Sharpe, C. / Mironov, A. / Brown, S.L. / ...著者: Bancroft, A.J. / Levy, C.W. / Jowitt, T.A. / Hayes, K.S. / Thompson, S. / Mckenzie, E.A. / Ball, M.D. / Dubaissi, E. / France, A.P. / Bellina, B. / Sharpe, C. / Mironov, A. / Brown, S.L. / Cook, P.C. / S MacDonald, A. / Thornton, D.J. / Grencis, R.K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2019年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P43
B: P43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,96520
ポリマ－90,1442
非ポリマー2,82118
水12,484693
1
A: P43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,50811
ポリマ－45,0721
非ポリマー1,43710
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: P43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4569
ポリマ－45,0721
非ポリマー1,3848
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.682, 164.834, 61.169
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AB

#1: タンパク質 P43


分子量: 45071.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trichuris muris (ネズミ鞭虫) / 参照: UniProt: A0A0N5DW69
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 707分子

#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 0.1 M Carboxylic acids 0.1 M Buffer System 3 8.5 50 % v/v Precipitant Mix 1 Morpheus G9 Molecular Dimensions Precipitant Mix 1 P500MME_P20K 40% v/v PEG 500* MME; 20 % w/v PEG 20000, Buffer ...詳細: 0.1 M Carboxylic acids 0.1 M Buffer System 3 8.5 50 % v/v Precipitant Mix 1 Morpheus G9 Molecular Dimensions Precipitant Mix 1 P500MME_P20K 40% v/v PEG 500* MME; 20 % w/v PEG 20000, Buffer System 1 1.0M 6.5 Imidazole; MES monohydrate (acid), Carboxylic acids 0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.2M Sodium oxamate
Temp details: Cold room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→57.34 Å / Num. obs: 103460 / % possible obs: 97.72 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 20.12 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1267 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.1347 / Net I/σ(I): 9.57
反射 シェル解像度: 1.65→1.709 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 1.953 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 9969 / CC1/2: 0.528 / Rpim(I) all: 0.7 / Rrim(I) all: 2.078 / % possible all: 94.26

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3304精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Inhouse

解像度: 1.65→57.34 Å / SU ML: 0.1856 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.5409
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1887 5140 4.97 %Random
Rwork0.1504 ---
obs0.1523 103443 97.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→57.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5519 0 184 693 6396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01336044
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19388170
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0604792
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081053
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.61185022
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.670.34961640.2983073X-RAY DIFFRACTION92.64
1.67-1.690.32112050.28093146X-RAY DIFFRACTION94.37
1.69-1.710.28551700.26343191X-RAY DIFFRACTION95.43
1.71-1.730.29051830.24323179X-RAY DIFFRACTION96.53
1.73-1.750.25862080.22693258X-RAY DIFFRACTION97.09
1.75-1.780.25781880.2233213X-RAY DIFFRACTION97.62
1.78-1.80.28221890.20623316X-RAY DIFFRACTION98.4
1.8-1.830.22061790.17793249X-RAY DIFFRACTION98.08
1.83-1.860.22941630.17233320X-RAY DIFFRACTION98.31
1.86-1.890.22971720.16783230X-RAY DIFFRACTION98.3
1.89-1.920.21361570.15023383X-RAY DIFFRACTION98.97
1.92-1.960.22081760.1523263X-RAY DIFFRACTION98.31
1.96-1.990.21021510.14793236X-RAY DIFFRACTION95.52
1.99-2.030.17591530.14413216X-RAY DIFFRACTION95.12
2.03-2.080.21491480.1463351X-RAY DIFFRACTION99.23
2.08-2.130.19081680.13973296X-RAY DIFFRACTION99.4
2.13-2.180.19121610.1383390X-RAY DIFFRACTION99.11
2.18-2.240.19681540.13153289X-RAY DIFFRACTION99.25
2.24-2.310.18131690.13023298X-RAY DIFFRACTION98.97
2.31-2.380.18471730.12743354X-RAY DIFFRACTION99.13
2.38-2.460.17591720.13033318X-RAY DIFFRACTION99.2
2.46-2.560.18362000.13143324X-RAY DIFFRACTION99.18
2.56-2.680.18771850.13793309X-RAY DIFFRACTION99.15
2.68-2.820.18771640.14163260X-RAY DIFFRACTION97
2.82-30.18741670.14723155X-RAY DIFFRACTION93.66
3-3.230.17271660.14963345X-RAY DIFFRACTION99.43
3.23-3.550.16161430.14873367X-RAY DIFFRACTION99.55
3.55-4.070.15121920.13843353X-RAY DIFFRACTION99.58
4.07-5.130.15051480.12123353X-RAY DIFFRACTION99.01
5.13-57.380.18371720.16773268X-RAY DIFFRACTION95.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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