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- PDB-6qip: Ternary complex of FcRn ectodomain, FcRn binding optimised human ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qip
タイトルTernary complex of FcRn ectodomain, FcRn binding optimised human serum albumin and the albumin-biniding side chain of the human growth hormone derivative somapacitan
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • IgG receptor FcRn large subunit p51
  • Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / complex / albumin binding (アルブミン) / long-acting growth hormone / somapacitan / HORMONE (ホルモン)
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / IgG binding / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME ...IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / IgG binding / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / beta-2-microglobulin binding / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / platelet alpha granule lumen / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / fatty acid binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Post-translational protein phosphorylation / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / Cytoprotection by HMOX1 / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / pyridoxal phosphate binding / positive regulation of protein binding / Platelet degranulation / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / protein-folding chaperone binding / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / blood microparticle / learning or memory / endosome membrane / 免疫応答 / copper ion binding / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / ゴルジ体
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / MHC class I-like antigen recognition-like ...Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-メルカプトエタノール / システイン / Somapacitan / アルブミン / IgG receptor FcRn large subunit p51 / Β2-ミクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Johansson, E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Identification of Binding Sites on Human Serum Albumin for Somapacitan, a Long-Acting Growth Hormone Derivative.
著者: Johansson, E. / Nielsen, A.D. / Demuth, H. / Wiberg, C. / Schjodt, C.B. / Huang, T. / Chen, J. / Jensen, S. / Petersen, J. / Thygesen, P.
履歴
登録2019年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.02023年9月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 2.12024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: IgG receptor FcRn large subunit p51
C: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,0457
ポリマ－109,4583
非ポリマー1,5874
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area44510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.020, 114.450, 159.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Serum albumin /


分子量: 66473.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02768
#2: タンパク質 IgG receptor FcRn large subunit p51 / FcRn / IgG Fc fragment receptor transporter alpha chain / Neonatal Fc receptor


分子量: 30408.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGRT, FCRN / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55899
#3: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 12577.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769

-
非ポリマー , 5種, 30分子

#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-JG5 / Somapacitan / (2S)-6-acetamido-2-[[2-[2-[2-[[4-carboxy-4-[[(4S)-4-carboxy-4-[[2-[2-[2-[4-[16-(1H-tetrazol-5-yl)hexadecanoylsulfamoyl]butanoylamino]ethoxy]ethoxy]acetyl]amino]butanoyl]amino]butanoyl]amino]ethoxy]ethoxy]acetyl]amino]hexanoic acid


分子量: 1192.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H89N11O19S
#6: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#7: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H7NO2S
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: sodium cacodylate, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→44.14 Å / Num. obs: 52497 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 58.05 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08365 / Rpim(I) all: 0.03514 / Rrim(I) all: 0.09086 / Net I/σ(I): 17.08
反射 シェル解像度: 2.45→2.538 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.683 / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 5168 / CC1/2: 0.585 / Rpim(I) all: 0.7175 / Rrim(I) all: 1.831 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K71

4k71


解像度: 2.45→46.479 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 31.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2585 5002 5.01 %
Rwork0.2161 --
obs0.2182 99876 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→46.479 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7559 0 104 26 7689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117900
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.50410686
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6827809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081133
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011385
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.47790.45621740.43193162X-RAY DIFFRACTION100
2.4779-2.5070.41711950.42973120X-RAY DIFFRACTION100
2.507-2.53760.42831650.39693154X-RAY DIFFRACTION100
2.5376-2.56970.34471540.37723234X-RAY DIFFRACTION100
2.5697-2.60350.32291580.34693149X-RAY DIFFRACTION100
2.6035-2.63920.3381590.34883090X-RAY DIFFRACTION100
2.6392-2.67690.38311860.32513174X-RAY DIFFRACTION100
2.6769-2.71680.33281600.30763157X-RAY DIFFRACTION100
2.7168-2.75930.31881510.29583208X-RAY DIFFRACTION100
2.7593-2.80450.32771630.27723155X-RAY DIFFRACTION100
2.8045-2.85290.33821610.27093182X-RAY DIFFRACTION100
2.8529-2.90480.33731580.28473143X-RAY DIFFRACTION100
2.9048-2.96060.34711660.27673169X-RAY DIFFRACTION100
2.9606-3.0210.37911730.2723150X-RAY DIFFRACTION100
3.021-3.08670.3281670.2693202X-RAY DIFFRACTION100
3.0867-3.15850.27831660.26643156X-RAY DIFFRACTION100
3.1585-3.23750.30421640.24993137X-RAY DIFFRACTION100
3.2375-3.3250.28641890.24843170X-RAY DIFFRACTION100
3.325-3.42280.32671530.24693157X-RAY DIFFRACTION100
3.4228-3.53320.33231700.22823194X-RAY DIFFRACTION100
3.5332-3.65950.24581650.2293160X-RAY DIFFRACTION100
3.6595-3.80590.23641380.22123176X-RAY DIFFRACTION100
3.8059-3.9790.23891910.20413137X-RAY DIFFRACTION100
3.979-4.18870.23991760.18913167X-RAY DIFFRACTION100
4.1887-4.45090.22631720.17193180X-RAY DIFFRACTION100
4.4509-4.79430.19091620.15713170X-RAY DIFFRACTION100
4.7943-5.27610.21661640.16323141X-RAY DIFFRACTION100
5.2761-6.03820.19661680.18583166X-RAY DIFFRACTION100
6.0382-7.60210.24571670.18063171X-RAY DIFFRACTION100
7.6021-46.48740.17961670.14443143X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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