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- PDB-6qi7: Engineered beta-lactoglobulin: variant L39Y in complex with endog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qi7
タイトルEngineered beta-lactoglobulin: variant L39Y in complex with endogenous ligand
要素Beta-lactoglobulinΒ-ラクトグロブリン
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / lactoglobulin (Β-ラクトグロブリン) / lipocalin / mutant (ミュータント (人類))
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Β-ラクトグロブリン / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
パルミチン酸 / Β-ラクトグロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Loch, J.I. / Siuda, M.K. / Lewinski, K.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2012/05/B/ST5/00278 ポーランド
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structure-based design approach to rational site-directed mutagenesis of beta-lactoglobulin.
著者: Bonarek, P. / Loch, J.I. / Tworzydlo, M. / Cooper, D.R. / Milto, K. / Wrobel, P. / Kurpiewska, K. / Lewinski, K.
履歴
登録2019年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7945
ポリマ－18,3511
非ポリマー4434
水66737
1
A: Beta-lactoglobulin
ヘテロ分子

A: Beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,58810
ポリマ－36,7022
非ポリマー8858
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.307, 53.307, 110.424
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactoglobulin / Β-ラクトグロブリン / Beta-LG


分子量: 18351.191 Da / 分子数: 1 / 変異: L1A, I2S, L39Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Origami / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.60 M (NH4)2SO4 in 0.1 M Tris-HCl pH 7.1

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→14.75 Å / Num. obs: 6635 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 21453 / Scaling rejects: 198
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.5-2.612.80.3937900.8450.2770.484100
8.66-14.752.70.021370.9990.0130.02473.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.2データスケーリング
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CrysalisProデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HTD

5htd


解像度: 2.5→14.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 20.625 / SU ML: 0.222 / SU R Cruickshank DPI: 0.5573 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.557 / ESU R Free: 0.31
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2624 662 10 %RANDOM
Rwork0.1946 ---
obs0.2013 5971 99.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.27 Å2 / Biso mean: 45.585 Å2 / Biso min: 21.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.01 Å2-0 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→14.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1171 0 30 37 1238
Biso mean--60.01 46.77 -
残基数----149
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0131216
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5051.6491633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1711.5772757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2335145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.67625.28353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.49915221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.812153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02210
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.563 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 36 -
Rwork0.329 433 -
all-469 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.0338 Å / Origin y: -10.6984 Å / Origin z: -14.5555 Å
111213212223313233
T0.2466 Å20.1161 Å2-0.0547 Å2-0.07 Å2-0.0233 Å2--0.014 Å2
L2.5273 °2-0.4249 °20.0794 °2-1.483 °21.0297 °2--3.2953 °2
S0.0036 Å °0.0231 Å °-0.0586 Å °-0.398 Å °-0.1118 Å °0.1161 Å °-0.3585 Å °0.0118 Å °0.1082 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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