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- PDB-6qfg: Crystal Structure of Human Kallikrein 6 (I218Y) in complex with GSK144 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qfg
タイトルCrystal Structure of Human Kallikrein 6 (I218Y) in complex with GSK144
要素Kallikrein-6KLK6
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Protease (プロテアーゼ) / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


再生 (生物学) / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / cornified envelope / hormone metabolic process / amyloid precursor protein metabolic process / regulation of neuron projection development / 細胞結合 / regulation of cell differentiation / protein autoprocessing / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ ...再生 (生物学) / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / cornified envelope / hormone metabolic process / amyloid precursor protein metabolic process / regulation of neuron projection development / 細胞結合 / regulation of cell differentiation / protein autoprocessing / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / collagen catabolic process / 髄鞘 / 分泌 / central nervous system development / response to wounding / 核膜 / serine-type endopeptidase activity / 核小体 / 小胞体 / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular region / 核質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J08 / Kallikrein-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Thorpe, J.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Evaluation of a crystallographic surrogate for kallikrein 5 in the discovery of novel inhibitors for Netherton syndrome.
著者: Thorpe, J.H. / Edgar, E.V. / Smith, K.J. / Lewell, X.Q. / Rella, M. / White, G.V. / Polyakova, O. / Nassau, P. / Walker, A.L. / Holmes, D.S. / Pearce, A.C. / Wang, Y. / Liddle, J. / Hovnanian, A.
履歴
登録2019年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kallikrein-6
B: Kallikrein-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9176
ポリマ－48,9352
非ポリマー9814
水6,305350
1
A: Kallikrein-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9583
ポリマ－24,4681
非ポリマー4912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Kallikrein-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9583
ポリマ－24,4681
非ポリマー4912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.400, 45.900, 89.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Kallikrein-6 / KLK6 / Neurosin / Protease M / SP59 / Serine protease 18 / Serine protease 9 / Zyme


分子量: 24467.711 Da / 分子数: 2 / 変異: R74G/R76Q/N132Q/I218Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK6, PRSS18, PRSS9
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科)
参照: UniProt: Q92876, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-J08 / 4-[(5-phenyl-1~{H}-imidazol-2-yl)methylamino]-2-(pyridin-3-ylmethoxy)benzenecarboximidamide


分子量: 398.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: 100mM Tris-HCl pH 8.6, PEG 4000 18-28%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→58.32 Å / Num. obs: 51138 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 28.11 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 145045 / Scaling rejects: 46
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.68-1.721.70.43425050.620.3870.58463.6
7.51-58.323.10.036600.9320.0220.03799.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LO6

1lo6


解像度: 1.68→58.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.111 / SU Rfree Blow DPI: 0.105 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.103
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 2454 4.8 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.193 51113 94.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 114.92 Å2 / Biso mean: 31.23 Å2 / Biso min: 14.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1892 Å20 Å25.274 Å2
2---3.9401 Å20 Å2
3----0.2491 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→58.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3415 0 72 350 3837
Biso mean--32.15 40.99 -
残基数----445
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1203SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes86HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes526HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3607HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion447SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4267SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3607HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4909HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.62
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.72 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 129 5.15 %
Rwork0.223 2376 -
all0.2229 2505 -
obs--62.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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