PDB-6qd6: Molecular scaffolds expand the nanobody toolkit for cryo-EM appli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qd6

タイトル

Molecular scaffolds expand the nanobody toolkit for cryo-EM applications: crystal structure of Mb-cHopQ-Nb207

要素

Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) /

Scaffold (足場)

機能・相同性

SabA, N-terminal extracellular adhesion domain / SabA N-terminal extracellular adhesion domain / Outer membrane protein, Helicobacter / Helicobacter outer membrane protein /

Outer membrane protein

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.84 Å

データ登録者

Uchanski, T. / Masiulis, S. / Fischer, B. / Kalichuk, V. / Wohlkonig, A. / Zogg, T. / Remaut, H. / Vranken, W. / Aricescu, A.R. / Pardon, E. / Steyaert, J.

資金援助

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2021
タイトル: Megabodies expand the nanobody toolkit for protein structure determination by single-particle cryo-EM
著者: Uchanski, T. / Masiulis, S. / Fischer, B. / Kalichuk, V. / Lopez-Sanchez, U. / Zarkadas, E. / Weckener, M. / Sente, A. / Ward, P. / Wohlkonig, A. / Zogg, T. / Remaut, H. / Naismith, J.H. / ...

履歴

登録	2018年12月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qd6.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qd6.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qd6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/6qd6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/6qd6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1qfh-d 2p46-d 6f7d-d 2oxq-d 6rnq-d 6a4k-1 6a4k-3 1gpj-d 6fga-1 6rns-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

B: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

C: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

D: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

E: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

F: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

G: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

H: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

I: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

J: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

ヘテロ分子

581 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
58.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

登録者が定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

登録者が定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

登録者が定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

登録者が定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

登録者が定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

登録者が定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

登録者が定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

9

I: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

登録者が定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

10

J: Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207

登録者が定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.170, 92.920, 244.220
Angle α, β, γ (deg.)	92.05, 96.93, 112.15
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207,Outer membrane protein,Mb-cHopQ-Nb207 分子量: 58049.621 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌), (組換発現) Helicobacter pylori (strain G27) (ピロリ菌) 遺伝子: C2R84_04360, hopQ, HPG27_1120 / 株: G27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5Z8H1
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.2 M ammonium citrate, 17 % PEG3350, 10 % Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.84→41.45 Å / Num. obs: 129248 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 1.78 % / B_iso Wilson estimate: 97.9 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.039 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 11.65
反射シェル	解像度: 2.84→2.9 Å / 冗長度: 1.76 % / R_merge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 7733 / CC_1/2: 0.854 / R_rim(I) all: 0.663 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.84→41.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.511 / SU R_free Blow DPI: 0.332

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	6538	5.06 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.206	129248	95.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.4392 Å²	-1.3114 Å²	1.5186 Å²
2-	-	1.9321 Å²	-0.4157 Å²
3-	-	-	2.507 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.84→41.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33038	0	1	105	33144

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	33550	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.26	45439	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		11592	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		5816	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		33550	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.69
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	23.15
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		4595	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		37870	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.84→2.86 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2485	129	4.99 %
R_work	0.2332	2456	-
all	0.234	2585	-
obs	-	-	86.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0683	0.0868	-0.0114	5.2443	0.1674	0.2059	0.2347	-0.0216	-0.0014	-0.339	-0.241	-0.6709	-0.2717	0.2444	0.0064	-0.0232	0.0071	0.0381	-0.1288	0.0922	-0.1241	50.1634	50.426	-86.2236
2	3.2829	-1.8212	-0.0875	7.1417	-1.3216	1.1969	0.2609	-0.2626	-0.4877	0.0195	-0.3975	-0.3456	-0.1243	0.0731	0.1366	-0.0627	0.0061	-0.1465	-0.0652	0.1005	0.0777	46.9574	28.1354	-80.562
3	9.7964	-2.1213	2.7695	6.4983	-1.1774	1.2333	0.0613	0.1387	-0.3574	0.1235	-0.1214	0.0798	0.0942	0.1865	0.0602	-0.125	0.1617	0.0139	-0.1828	0.0813	0.0174	53.8782	-5.6323	-70.8564
4	1.1233	1.4179	-0.6287	7.1184	-1.4402	0.4835	0.1312	-0.3227	-0.442	0.7595	-0.3362	-0.0149	-0.2009	0.0081	0.205	-0.124	-0.1295	-0.0954	-0.1743	0.0906	-0.0522	26.5712	5.6629	-60.1005
5	1.2083	0.5587	-0.7523	5.4453	-2.0354	1.7938	0.0823	-0.4136	-0.274	0.2711	-0.3318	0.2542	-0.1208	-0.1113	0.2495	-0.0718	-0.1451	-0.0199	-0.0874	0.0656	0.1212	26.7821	-1.0787	-62.1639
6	0.8314	1.307	0.2999	5.9371	1.6288	0.483	0.0587	-0.0673	0.0821	-0.0139	-0.1287	0.3148	0.0294	0.0108	0.07	-0.0603	0.0026	-0.0593	-0.1206	0.0101	0.0078	33.8294	41.145	-64.9015
7	1.0072	-1.6308	0.7755	8.1022	-2.3666	0.648	0.1855	0.3078	0.3004	-0.4044	-0.3747	0.3443	0.1536	0.032	0.1892	-0.1103	0.1852	0.135	-0.1634	0.0864	-0.0432	-9.7458	27.492	-36.9595
8	3.2092	0.6147	-1.7949	7.9632	2.8234	3.5941	0.2351	-0.0647	-0.0332	-0.4615	-0.3152	0.0757	0.4639	0.0454	0.0801	0.1652	0.2206	0.1647	-0.198	0.0175	-0.1751	-4.1836	5.8479	-35.3185
9	0.536	-0.5977	-0.2328	6.4282	1.0215	0.3478	0.0064	0.119	-0.065	0.2491	-0.1544	0.546	0.0883	-0.0178	0.148	-0.0783	0.0149	0.1054	-0.0925	0.0137	0.0585	-1.5654	-12.4989	-31.3504
10	1.2929	1.2594	-0.2097	6.7958	-0.5092	0.7413	0.1111	-0.0422	-0.0607	-0.0904	-0.2279	-0.6579	0.3916	0.2991	0.1168	-0.1535	0.0338	0.132	-0.0366	0.1116	-0.1328	13.6824	-8.1742	-16.2329
11	1.6419	0.2564	-0.3704	3.7775	0.9844	0.2216	0.193	-0.1206	0.0581	0.5069	-0.1406	-0.5236	0.2705	0.2687	-0.0524	-0.04	-0.0404	-0.0069	-0.1601	0.1529	-0.1183	13.9282	-15.957	-10.7621
12	7.0532	2.2268	-1.2728	9.7641	-1.6572	1.3236	0.0672	-0.2327	0.3769	-0.0905	0.025	-0.0607	0.0051	0.0516	-0.0922	-0.1828	-0.1404	0.0716	-0.1703	0.0941	0.0644	19.0362	37.0519	-26.356
13	1.0374	-0.3598	-0.2298	7.0776	-1.3405	1.3964	0.2273	0.2937	0.3866	-0.5871	0.0501	0.6745	-0.111	-0.539	-0.2775	-0.2417	-0.0285	0.0901	-0.0368	0.0153	-0.1499	5.8325	71.8686	15.9932
14	4.079	1.9448	-0.3205	4.7942	-2.3469	2.1059	0.0206	0.3426	-0.1276	-0.4971	0.0548	0.4702	0.3432	-0.2949	-0.0755	-0.0844	-0.1979	0.0861	-0.0655	-0.1124	-0.2078	9.4179	53.5165	21.0226
15	5.0561	1.6897	1.404	9.0862	2.3393	8.9769	-0.034	0.0032	0.0362	-0.3002	0.0394	0.2261	0.3606	0.0931	-0.0054	-0.0976	-0.1567	0.1477	-0.1732	-0.0827	-0.1013	7.6316	17.8395	23.6112
16	0.1099	0.3286	-0.2698	8.2835	-2.4861	0.7607	0.2416	-0.1086	-0.224	-0.0888	-0.6595	-0.7815	-0.0806	0.2496	0.4179	-0.1375	-0.2939	0.0106	-0.037	0.1353	0.0087	34.9313	22.6249	35.9691
17	0.7217	0.3849	-0.3807	8.921	-1.3063	0.2466	0.2287	-0.0641	-0.1465	-0.0037	-0.4583	-0.7157	-0.1342	0.1393	0.2295	-0.1557	-0.2743	0.0668	-0.0237	0.0435	0.0458	32.5534	26.1368	35.7524
18	0.8432	1.7715	-0.8647	6.6985	-2.952	2.5332	0.1309	-0.068	-0.0183	0.2584	-0.2645	0.128	-0.3247	0.0902	0.1336	-0.0281	-0.1812	0.0743	-0.0681	-0.0559	-0.159	32.2112	65.6036	20.1961
19	1.2391	-1.6955	-0.4729	7.0685	0.5762	0.1464	0.2377	0.1302	0.3301	-0.3619	-0.0642	-0.5198	-0.0103	-0.0897	-0.1735	-0.2103	0.0518	0.0222	0.1617	-0.083	-0.1946	0.17	16.7412	60.8813
20	0.9942	-0.4862	-0.4957	7.6236	2.5193	1.7833	0.1692	0.2538	0.3937	-0.4339	-0.1027	-0.1073	-0.3178	0.0372	-0.0666	-0.1497	0.1434	0.1174	-0.0118	0.0393	-0.066	-4.1796	37.5316	63.458
21	1.1197	-1.3414	-0.8677	5.0369	1.3151	0.9603	-0.0281	-0.0143	-0.127	0.1372	-0.0572	-0.1413	0.1456	-0.4489	0.0853	-0.2008	-0.0448	-0.0568	0.1112	-0.0552	-0.0905	1.1386	-10.1246	57.5526
22	1.2972	-0.2994	-0.5595	5.2349	0.737	0.2497	-0.1482	-0.3592	-0.1719	0.7034	-0.2677	-0.5994	0.2577	-0.1275	0.4159	0.0493	-0.0053	-0.0717	-0.0863	0.1359	-0.2493	3.2005	-20.9249	82.658
23	1.7952	-1.5413	-0.1997	2.5257	1.9057	1.2511	-0.1984	-0.1707	-0.2052	0.6285	-0.2496	-0.1195	0.2545	-0.1025	0.4481	0.0991	-0.0422	0.064	-0.0868	0.1875	-0.2619	1.1059	-25.436	80.1321
24	1.8309	1.1983	0.7636	7.4576	1.0317	0.5851	-0.178	-0.5019	0.4454	0.4243	-0.2499	0.069	0.013	-0.388	0.4279	-0.0271	0.0529	-0.0304	0.1027	-0.1221	-0.3311	3.3873	17.7459	86.1701
25	-0.0923	1.591	-0.4931	5.5031	-1.0222	0.1464	0.0238	-0.087	-0.1615	0.3141	-0.185	-0.6456	-0.2342	0.106	0.1611	-0.0205	0.1359	-0.2193	-0.2522	0.0575	0.202	4.3814	76.357	104.3344
26	1.198	0.939	0.427	7.7274	0.0955	0.2546	0.151	-0.1639	-0.1301	0.2146	-0.2855	-0.3735	-0.0261	-0.1566	0.1345	0.069	0.1983	-0.1849	-0.1647	0.0859	0.0616	-1.061	54.6937	109.3282
27	4.567	-1.483	3.3545	4.4024	-2.0284	7.0528	-0.0149	0.0343	-0.1505	-0.2688	-0.0204	0.1651	0.1227	0.1192	0.0353	0.112	0.2154	-0.0355	-0.1708	-0.0256	-0.1442	4.2836	20.8095	129.8892
28	2.3079	0.3875	0.299	5.3964	-0.6884	2.3954	0.2197	-0.452	-0.4136	0.4726	0.2242	0.5225	-0.0694	-0.6714	-0.4439	-0.2275	0.108	-0.1	-0.0773	0.1174	-0.0768	-24.3731	26.6238	127.9844
29	2.7771	-0.3597	0.526	4.3386	-2.5377	1.7213	0.2508	-0.1394	-0.278	0.0519	0.1123	0.4728	-0.1587	-0.6688	-0.3631	-0.1816	0.1562	-0.1098	-0.1367	-0.0273	-0.1186	-22.2309	30.6813	122.0656
30	2.7567	-1.6182	0.246	7.8188	1.5074	8.7647	-0.05	0.2011	0.3006	-0.6322	0.0401	-0.0062	0.1491	0.0634	0.0099	0.2756	0.1956	-0.0691	-0.2392	-0.058	-0.1588	-21.6332	77.961	120.8048

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|3 - 322}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|323 - 419}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|420 - 534}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|1 - 211}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|212 - 346}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|347 - 532}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{C\|1 - 321}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{C\|322 - 385}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{C\|386 - 532}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{D\|2 - 121}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{D\|122 - 417}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{D\|418 - 532}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{E\|1 - 307}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{E\|308 - 419}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{E\|420 - 532}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{F\|1 - 232}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{F\|250 - 382}
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{F\|383 - 532}
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{G\|2 - 109}
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{G\|110 - 338}
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{G\|339 - 532}
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{H\|1 - 208}
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{H\|209 - 393}
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{H\|394 - 532}
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{I\|1 - 330}
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{I\|331 - 419}
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{I\|420 - 533}
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{J\|1 - 204}
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{J\|205 - 419}
30	X-RAY DIFFRACTION	30	{J\|420 - 532}

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)