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万見
- PDB-6q76: Complex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q76
タイトルComplex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-Pia with the HMA domain of Pikp-1 from rice (Oryza sativa)
要素
  • AVR-Pia protein
  • Resistance protein Pikp-1
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / Effector / Heavy metal-associated / NLR / MAX
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein, plants / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily ...Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein, plants / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AVR-Pia protein / Resistance protein Pikp-1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
Magnaporthe oryzae (イネいもち病菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Varden, F.A. / Banfield, M.J.
資金援助2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council
European Research Council
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Cross-reactivity of a rice NLR immune receptor to distinct effectors from the rice blast pathogenMagnaporthe oryzaeprovides partial disease resistance.
著者: Varden, F.A. / Saitoh, H. / Yoshino, K. / Franceschetti, M. / Kamoun, S. / Terauchi, R. / Banfield, M.J.
履歴
登録2018年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Resistance protein Pikp-1
B: AVR-Pia protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4072
ポリマ－15,4072
非ポリマー00
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area920 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.844, 53.444, 117.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Resistance protein Pikp-1


分子量: 7861.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: Pikp-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9KPB5
#2: タンパク質 AVR-Pia protein


分子量: 7545.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnaporthe oryzae (イネいもち病菌)
遺伝子: AVR-Pia / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9WZW9
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.12 M Alcohols (0.2 M 1,6-Hexanediol; 0.2 M 1-Butanol; 0.2 M 1,2-Propanediol; 0.2 M 2-Propanol; 0.2 M 1,4-Butanediol; 0.2 M 1,3-Propanediol), 0.1 M Buffer System 1 (1.0 M imidazole; MES ...詳細: 0.12 M Alcohols (0.2 M 1,6-Hexanediol; 0.2 M 1-Butanol; 0.2 M 1,2-Propanediol; 0.2 M 2-Propanol; 0.2 M 1,4-Butanediol; 0.2 M 1,3-Propanediol), 0.1 M Buffer System 1 (1.0 M imidazole; MES monohydrate (acid), pH 6.5) and 50 % v/v Precipitant Mix 2 (40 % v/v Ethylene glycol; 20 % w/v PEG 8000)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.72 Å / Num. obs: 18107 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 13.3 % / Num. unique obs: 1151 / CC1/2: 0.81 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia20.5.328データ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2MYW, 5A6P

2myw

5a6p


解像度: 1.9→48.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.986 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.123
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2451 962 5.3 %RANDOM
Rwork0.2031 ---
obs0.2053 17101 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 126.51 Å2 / Biso mean: 52.819 Å2 / Biso min: 33.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.52 Å20 Å20 Å2
2---2.04 Å20 Å2
3----2.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→48.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1066 0 0 89 1155
Biso mean---58.06 -
残基数----141
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0141081
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5011.6541461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.941.6422442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.65138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.11321.91547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.28515193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.84157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02179
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 72 -
Rwork0.358 1237 -
all-1309 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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