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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pyy | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of human Tryptophan 2,3-dioxygenase in complex with PF-06840003 in Active Site and Exo site | |||||||||
要素 | Tryptophan 2,3-dioxygenaseトリプトファン-2,3-ジオキシゲナーゼ | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / Tryptophan Dioxygenase / PF-06840003 / Oxidoreductase (酸化還元酵素) / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to nitroglycerin / tryptophan catabolic process to acetyl-CoA / トリプトファン-2,3-ジオキシゲナーゼ / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine / Tryptophan catabolism / amino acid binding / oxygen binding / protein homotetramerization / heme binding ...response to nitroglycerin / tryptophan catabolic process to acetyl-CoA / トリプトファン-2,3-ジオキシゲナーゼ / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine / Tryptophan catabolism / amino acid binding / oxygen binding / protein homotetramerization / heme binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Pham, K.N. / Lewis-Ballester, A. / Yeh, S.R. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019 タイトル: Structural Basis of Inhibitor Selectivity in Human Indoleamine 2,3-Dioxygenase 1 and Tryptophan Dioxygenase. 著者: Pham, K.N. / Lewis-Ballester, A. / Yeh, S.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pyy.cif.gz | 310.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pyy.ent.gz | 250.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pyy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/6pyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/6pyy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45182.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDO2, TDO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P48775, トリプトファン-2,3-ジオキシゲナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-H7S / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 50 mM Sodium Citrate (pH 5.6), 2% Tacsimate (pH 5.0) 5% PEG 3350 PH範囲: 5.0-5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→29.9 Å / Num. obs: 77243 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 53.3 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 11127 / CC1/2: 0.39 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5TI9 解像度: 2.4→29.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 9.849 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.236 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 176.43 Å2 / Biso mean: 53.319 Å2 / Biso min: 24.02 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→29.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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