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- PDB-6ppv: Structure of S. pombe Lsm1-7 with RNA, polyuridine with 3' guanosine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ppv
タイトルStructure of S. pombe Lsm1-7 with RNA, polyuridine with 3' guanosine
要素
  • (Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 2
  • (U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 5
  • RNA (5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*G)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA (リボ核酸) / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm2-8 complex / chromosome, telomeric repeat region / RNA metabolic process / : / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / RNA cap binding / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / P-body assembly ...mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm2-8 complex / chromosome, telomeric repeat region / RNA metabolic process / : / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / RNA cap binding / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / P-body assembly / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / telomerase holoenzyme complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / telomerase RNA binding / poly(U) RNA binding / U2 snRNP / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / tRNA processing / U2-type prespliceosome / telomerase holoenzyme complex assembly / precatalytic spliceosome / RNA folding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / maturation of SSU-rRNA / spliceosomal complex / P-body / 転写後修飾 / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / ribonucleoprotein complex / chromatin binding / 核小体 / RNA binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Sm-like protein Lsm1 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Sm-like protein Lsm7 / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm7/SmG ...Sm-like protein Lsm1 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Sm-like protein Lsm7 / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm1 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Montemayor, E.J. / Butcher, S.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118131 米国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for the distinct cellular functions of the Lsm1-7 and Lsm2-8 complexes.
著者: Montemayor, E.J. / Virta, J.M. / Hayes, S.M. / Nomura, Y. / Brow, D.A. / Butcher, S.E.
履歴
登録2019年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm1
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
C: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
D: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
E: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
F: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
G: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
H: RNA (5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2828
ポリマ－78,2828
非ポリマー00
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14430 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area23610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.023, 69.023, 296.068
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

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U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 5種, 5分子 ABEFG

#1: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm1


分子量: 9754.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: lsm1, SPBC3D6.08c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P87173
#2: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2


分子量: 11003.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: lsm2, SPCC1620.01c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94408
#5: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5


分子量: 8860.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: lsm5, SPBC20F10.09 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O42978
#6: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6


分子量: 8489.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: lsm6, SPAC2F3.17c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UUI1
#7: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7


分子量: 12488.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: lsm7, SPCC285.12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74499

-
Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3


分子量: 10824.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: lsm3, SPBC9B6.05c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y7M4
#4: タンパク質 Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4


分子量: 15007.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: lsm4, SPBC30D10.06 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14352

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RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 191分子 H

#8: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*G)-3')


分子量: 1854.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.71 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20 mM sodium formate, 20 mM ammonium acetate, 20 mM trisodium citrate, 20 mM sodium potassium tartrate, 20 mM sodium oxamate, 100 mM sodium HEPES base, 100 mM MOPS acid, 10 % PEG 8,000, 20 % ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→98.7 Å / Num. obs: 52874 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.1 % / Biso Wilson estimate: 45.4 Å2 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / Num. unique obs: 4047

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→42.07 Å / SU ML: 0.3426 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.42 / 位相誤差: 29.1337
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2446 3798 3.84 %
Rwork0.2086 --
obs0.21 52767 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→42.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4265 122 0 190 4577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00544456
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86066053
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0542728
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.25722687
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.080.3661360.36653569X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.10.3931360.34873522X-RAY DIFFRACTION99.97
2.1-2.130.39271340.34533475X-RAY DIFFRACTION99.92
2.13-2.160.39991440.33393607X-RAY DIFFRACTION99.97
2.16-2.190.36691360.33513439X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.230.38241400.30813629X-RAY DIFFRACTION99.95
2.23-2.270.35431360.30293416X-RAY DIFFRACTION99.97
2.27-2.30.33541410.29283672X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.350.31911460.26973446X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.390.29941360.26763547X-RAY DIFFRACTION99.97
2.39-2.440.2931340.25193501X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.490.28131440.24973534X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.550.35321420.2613565X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.620.37891380.24643478X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.690.28761340.24363513X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.770.31521540.23333584X-RAY DIFFRACTION99.95
2.77-2.850.26851420.21843508X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.960.24471380.21653472X-RAY DIFFRACTION99.97
2.96-3.070.2411450.21983533X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.210.25051480.21553478X-RAY DIFFRACTION99.97
3.21-3.380.24161380.20753552X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.60.25531390.19143531X-RAY DIFFRACTION99.97
3.6-3.870.17961420.18913552X-RAY DIFFRACTION99.86
3.87-4.260.22261420.1733507X-RAY DIFFRACTION99.84
4.26-4.880.17481560.1443498X-RAY DIFFRACTION99.65
4.88-6.140.25131400.18243515X-RAY DIFFRACTION99.95
6.14-42.070.18371370.19293528X-RAY DIFFRACTION99.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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